1921年12月，成立扬子江水道讨论会。
1928年5月，改组扬子江水道讨论会为扬子江水道整理委员会。
1935年4月，合并改组扬子江水道整理委员会、太湖流域水利委员会、湘鄂湖江水文站为扬子江水利委员会。
1947年6月，扬子江水利委员会改名为长江水利工程总局。
1950年2月，长江水利委员会成立。
1956年，以长江水利委员会为基础，成立长江流域规划办公室。
1989年，长江流域规划办公室更名为长江水利委员会（副部级）。
一、 机关内设机构
1、 办公室 027-82828704
2、 规划计划局 027-82828503
3、 政策法规局（水政监察总队） 027-82828176
4、 财务局 027-82828504
5、 人事局 027-82828280
6、 水资源管理局 027-82820669
7、 水资源节约与保护局 027-82828223
8、 建设与运行管理局 027-82820278
9、 河湖管理局 027-82828838
10、河道采砂管理局 027-82927706
11、水土保持局（农村水利水电局） 027-82828725
12、监督局 027-82820535
13、水旱灾害防御局（水工程调度管理局） 027-82820499
14、国际合作与科技局 027-82828607
15、审计局 027-82828262
16、离退休职工管理局 027-82828363
17、直属机关党委 027-82828301
18、长江工会（中国农林水利气象工会长江委员会） 027-82927590
二、 事业单位
1、 水文局
2、 长江科学院
3、 水利部中国科学院水工程生态研究所
4、 陆水试验枢纽管理局
5、 长江勘测技术研究所
6、 长江工程建设局
7、 澜湄水资源合作中心
8、 河湖保护与建设运行安全中心
9、 网络与信息中心（长江档案馆）
10、宣传出版中心
11、人才资源开发中心
12、机关服务中心（局）
13、长江医院（血吸虫病防治监测中心）
14、长江流域水土保持监测中心站
15、长江水资源保护科学研究所
三、 企业
1、 长江水利水电开发集团有限公司
2、 长江设计集团有限公司
3、 汉江水利水电（集团）有限责任公司（丹江口水利枢纽管理局）
4、 南水北调中线水源有限责任公司
5、 湖南澧水流域水利水电开发有限责任公司
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