科尔沁部是最早投降满洲的蒙古部落。崇德元年分旗时，是以中旗为核心的。
右翼是翁果岱和图美系，翁果岱也是科尔沁部首领
首领翁果岱之孙、首领奥巴之子，科尔沁部首领巴达礼，封爵是当时科尔沁五旗唯一的亲王——土谢图亲王，所以他的直属部落就是右翼中旗（土谢图王旗）。右中旗的位置在右翼三旗中是最南的
奥巴之弟布达齐（布达奇），封爵是札萨克图郡王，他的直属部落就是右翼前旗（札萨克图王旗）。右前旗的位置在右翼三旗中是居中的
翁果岱共曾祖父的从弟图美，其子喇嘛什希，封爵是镇国公，他是最后向满洲投降的科尔沁部落（1633年）。他的直属部落则是右翼后旗（镇国公旗）。右后旗的位置在右翼三旗中是靠北的
左翼是莽古斯兄弟系，莽古斯和翁果岱是共祖父的堂兄弟。2人和明安都是参加了九部联军的。
莽古斯四子满珠习礼，封爵是巴图鲁郡王，顺治年间晋升达尔罕巴图鲜亲王，他的直属部落就是左翼中旗（达尔罕王旗）。左中旗在左翼三旗中是靠北的
莽古斯幼弟洪果尔，封爵是宾图郡王，他的直属部落就是左翼前旗（宾图王旗）。左前旗在左翼三旗中是靠南的
以上五旗就是科尔沁部最早的五旗
莽古斯弟弟明安，在天命年间就死了，其子栋果尔封镇国公，其部附于左前旗。到顺治七年，才以明安之功封栋果尔之子彰吉伦为郡王，以其部落分设左翼后旗（郡王旗）。左后旗在左翼三旗的位置是居中的。其后代僧格林沁晋封博多勒噶台亲王，所以该旗俗称改为博王旗。
