昌都强巴林寺位于昌都镇内的昂曲和杂曲两水交汇处，它巍峨地依附在横断山脉之之下，耸立在古冰河切割而成的红壤层上。该寺是由宗喀巴弟子喜绕松布于公元 1444年创建的。 寺内主佛为强巴（大慈）佛，故对该寺的起名为昌都强巴林寺。
昌都寺与内地王朝的关系历来极为密切。从清朝康熙帝开始，该寺主要活佛受历代皇帝的册封。寺内至今保存有康熙58年5月颁发给帕巴拉活佛的铜印。乾隆56年，乾隆帝为昌都寺书赠“祝厘寺”的匾额。昌都强巴林寺有五大活佛世系，十二个扎仓，僧人最多时达5000余人，并辖周围小寺70座。现任全国人大副委员长帕巴拉·格列朗杰为该寺第一大活佛，现已转世至11世。
该寺主要建筑保存完好，经堂内塑有数以百计的各类佛像和高僧塑像，上千平方米的壁画以及众多的唐卡画，可以说是汇集了昌都能工巧匠的聪明才智，代表了昌都一带最高水平。
强巴林寺的“古庆”跳神素以狰狞逼真的面具，整齐典雅的动作造型，宏大的场面而闻名雪域高原。该寺跳的铖斧舞，服饰整齐华丽，舞姿古朴典雅，配器简约清越。以该寺独有的宗教舞蹈为形式的昌都藏戏在整个西藏自成一派。该寺喇嘛跳的“卓”舞更是一绝。
昌都强巴林寺最值得一看的是它的神舞，在每年的酥油花节期间（时间在藏历年左右，即公历新年后一个月左右）表演的一种神舞，表演主要由动作大气、场面宏大、舞蹈者都戴着狰狞逼真面具表演的“古庆”神舞和服饰华丽舞姿古朴的钺舞组成，是在西藏高原享有盛名的一种神舞！
这座寺庙，建立于明朝年间，是宗喀巴改革西藏佛教以后，他的弟子所建立的。按格鲁教派规定，昌都寺可拥有僧人二千五百人。
传说格鲁派宗师宗喀巴16岁时由青海到拉萨学经途中，路过这两水交汇的秀美之地时预言这里将是弘扬佛法之地。后在1444年由宗喀巴的晚年弟子西饶桑布在此历时八年建成。建寺时西饶桑布在一千户家去讲经化缘，该千户就将自己家的草场奉献了出来作建寺之址。据说现在寺庙五大扎仓之一的桑堆扎仓的位置，就是当年千户搭牦牛帐篷的地方。 宗喀巴1373年入藏途经昌都时曾预言，将来在此地定能兴寺弘佛。后来到公元1437年（明英宗正统二年）宗喀巴的弟子喜绕桑布在这昂曲和杂曲两水间雄鹰落地式的岩岛上倡建寺庙，寺内主佛为强巴（大慈）佛，故对该寺起名为昌都强巴林寺。该寺在昌都地区佛教格鲁教派寺院里算是最大的。它下分五个扎仓：林堆、林麦、奴林、库秋、夹惹卡巴等，这里曾由格鲁教派的祥雄曲旺扎巴、楚顿朗卡白，年堆冲孜瓦吉冲贡嘎扎西、三世达赖索朗加措等著名的高僧主持过该寺，这所闻名全藏的昌都强巴林寺传承十三世堪布。后由帕巴拉三世通娃顿丹起传承世代主持该寺，到那时，该寺在康区已有130个分寺，多集中于昌都、察雅、八宿、硕板多、桑昂曲及波密地区。
由于昌都处在疏通川藏的门户，商业活动成为这一带人民的主要职业，因而也影响到"神圣"的寺庙上来，故僧人们除了念经诵佛外，还兼营经商生息。昌都寺经商所得利息，平均分给众僧人，采取散发酥油、糌粑、茶叶等生活必需品的办法支付。年终寺庙进行结算，如有盈利，便在新年时节，不分大小，平均分摊。昌都寺内的壁画、雕塑、建筑、经卷等艺术珍品和文物，与西藏其他地方的寺庙大同小异。 当然，作为旧西藏三大领主之一的寺庙，它也占有大量土地，也免不了剥削农奴。不然，那些“赤巴”、“堪布”、“活佛”便无法维持奢侈的生活了。别的不讲，就拿吃水来说，寺庙高僧筑于加惹坝上，吃水得下到数百尺的河里去背。这个寺庙有22口装水的大铜锅，每一口锅得装一百多桶水。每天，2500僧人饮用的水，便得靠寺庙周围的百姓来支差背负了。陡峻的河堤，使多少人累死、饿死、失足落水淹死在河里！昌都寺号称“美丽花园”，但是，生活在这花园里的人民，却世世代代免不了爬崎岖的陡坡，下到河里去背水吃。冬天，河中水位低下，上游漂来死畜和垃圾；夏天，山洪爆发，泥沙俱下，河水浑浊，一勺水有半勺泥。“救苦救难”的菩萨并没能给众生带来甘泉，倒是解放后，党和人民政府在昌都寺建立自来水站，才解决了昌都僧俗人民吃水难的大问题。
