咸丰三年后与同治年间难以稽考，纵观历史人口的变化，无不与兵祸凶荒有关。清自顺治至道光，中历康、雍、乾、嘉先后六朝近二百年，东南不见兵革，政在与民休息，使民安居乐业，人口滋生自繁。至咸丰、同治间，东南九省战争迭起，达十余年。咸丰三年（1853年）3 月始，安徽省以长江中流屏蔽太平天国，受兵祸特重，在清军绞杀太平军与捻军起义的十余年战争中，本省成为太平军与清军搏斗的主要战场，人口受到极大的损失。曾国藩驻皖南徽州数年，杀戮无常，致使“万山之中，村落为墟”，“皖北则益以苗捻之役，又大兵后累有凶年，人民死丧无数”（注：安徽通志馆编纂《安徽通志搞·民政考稿》，民国23 年铅印本，成文出版社有限公司印行。）曾国藩《曾文正公全集》卷21《豁免皖省钱漕粮折》中说：“惟安徽用兵十余年，通省沦陷，杀戮之重，焚掠之惨，殆难言喻，实为非常之奇祸，不同偶遇之偏灾”。清军豫胜营李世忠部驻守全椒，专为坚壁清野之计，糟蹋得“数十里无人烟。耕种者百人内三四人而已”。“城外附郭处，常有狼群来往”，“计米价一千数百文，物价皆贵饿死者盈路，人相食”，（注：同治《续修全椒县志》（抄本）10 卷，杂类志。） 湘军在剿杀太平军时特别残忍，他们攻陷宁国府城时，“大呼直入，一律斩无遗”。攻陷安庆时，“诛戮殆尽，并无一名漏网”，（注：《曾国藩全集》（家书一），岳麓书社1986 年版第769 页。）浮尸蔽长江。镇压捻军的清军，“专以杀戮为功”，破圩、寨，便把圩、寨人，“诛戮不留遗种”，（注：任重光“上毛钦帅平贼义”，《捻军》第6 册第196 页。）“遍地尸横，一无漏网”。（注：同治三年十一月初九日姜虎“当德府军事探报”《近代史资料》1982 年第4 期。）“咸丰间兵事，歙人受祸，实为奇酷，......全县人口十损七、八”。（注：《歙县志》卷11，烈女。）由于人口锐减，田地荒芜，农民大起义失败后，外省农民向安徽省迁移，时省内“生者寥寥，昔日良田美园，变成荒原旷场，无复有人过问矣。因此客籍农民迁入垦荒者，接踵而至。贵池县因是项原因而移入之农民，约占全县百分之七十”。“宣城县因是项原因而移入外籍农民，估计约有百公之七十”。（注：金陵大学农业经济系《豫鄂皖赣四省之租佃制度》1936 年版，第7 页。）
大战之后，常有大疫。咸丰十一年（1961 年）前后，从江西彭泽到安徽东流一带，由于“连年战斗，尸骸腐朽，蒸郁积为瘟气，......肿头烂足而死者十有八九，多道毙。（注：邓文滨撰《醒睡录》初集：“迁徙须防乱后瘟”。） “宁国各属军民死亡相连，道 望，河中积尸生虫，往往缘船而上，河水及井水皆不可食。其有力者用舟载水于数百里之外。臭秽之气中人，十病八九。诚宇宙之大劫，军行之奇苦也”。（注：《曾国藩全集》（家书），岳麓书社1986 年版，第997 页。）
徽州、宁国、池州、太平和广德四府一州，“其民死于兵疫饥饿者十之八九，存者无见，”。（注：明传：“上皖南道表爽秋视察”，《台湾日记与禀启》第一册第140 页。）其中徽、宁两府，“孑遗之民，存什一于千百”。“积骸成莽，人类将尽”。（注：沈葆祯《沈文肃公政书》奏折卷7。） 据口碑相传，湘军进旌德县挨村洗劫残杀，见男人说中“长毛”，“逢人便杀”，咸丰三年（1853 年）该县城乡人口约30 万，同治二年（1863 年）清军光复，最后仅剩18 人，（注：“太平天国时清军石营碌旌德时一些传说”《安徽史学工作通讯》总第3 期。0黟县户口统计，嘉庆十五年（1810 年）户32732，人口246478，到同治六年（1867 年），户19097，口155445 。（注：吴克俊等纂《黟县四志》卷9，户口。）又同治六年（1867 年）的户口与口竟成1：8．3 之比，原因是很多“小口”（孤儿）、“女口”无家可归，成为“附口”。“皖北之河运漕一带，有百里无人烟者”。（注：冯桂芬：“垦荒议”《校 庐抗议》第115 页。）清军与太平作战中，“皖民之（被）掳杀，流亡死伤以百万计”。(注：王定安：《湘军志》卷6 第1 页。) 清军进剿捻军，杀良冒功，滥行残杀。蒙城、亳州是捻军的起义中心，清军因“痛憾蒙亳”，不分青红皂白地“剿洗”，以绝所谓“祸种”。
百姓饿死亦有不少，原因多种，或避乱荒山避处，饥饿而死；或处在围城中，粮绝而死又或在粮荒粮贵下，无力买粮，活活饿死。人口骤减，田地荒毁，许多地方，无以为食。“皖南食人肉，每斤卖百二十文”。（注：《曾国藩全集》（家书二），岳麓书社1986 年版，第997 页。）“ 口粮极缺，则到处皆然。......皖南百姓则皆人食人矣。”（注：《曾国藩全集》（家书二），岳麓书社1986 年版，第814 页。）
战争、瘟疫、饥饿使安徽遭受严重破坏，最甚者为皖南，其次是皖北滁州、全椒、来安、天长、眙盱等属和淮北的凤阳、颍州、泗州等属，稍轻的是沿江的安庆、池州、太湖、庐江、和州、六安各属。从安庆往皖北的宿县、亳州一带“千余里间，人民失业，田庐荡然”。“田地荒芜，耕种无人”，“终日不过行人，百里不见炊烟”，晼晫从东流至江西彭泽，“沿山数百里，人烟寥落”。凤阳、定远等县“环视数百里内，蒿深弥望，炊烟几绝晼晬从霍山、六安往河南的光山固始，沿路四野，杂生草木，“长如拱把”；行人在大路上须“辟荆而走”。晼晭从凤、颍东至江苏的徐、泗，西北至河南的归、陈各府属，“旷土闭田，比比皆是”，“几于千里废耕”。晼晱豫东与安徽毗邻带，“东西三百余里，南北二百余里，皆无人烟”。晼晲由上观之，太平天国、捻军失败后，历经同治、光绪宣统三朝，仅五十余年，人口凋敝，很难恢复，元气尽丧，又加上鸦片之祸，农村经济衰败，这就形成了安徽人口史上的一个低谷。
