明朝的南、北直隶是一种特殊的存在，很多人都把南、北直隶认为是一种政区，其实是一种很大的误解。
这个误解就和把湖北省的江汉地区理解成一个政区一样。
江汉地区只是一个俗称，包括仙桃、潜江、天门三市，三市都是县级市，都直属湖北省。
南北直隶也一样，只是两个俗称，北直八府二直隶州，南直十四府四直隶州，都是府级，也都直属中央(六部)。
当然，二者之间还是有些不同的，如江汉地区有共同的中院，而南北直隶各府州的上级司法机构就是刑部了。
从很多地方其实都可以看出来：
1、南北直隶本身没有官署、没有机构、没有行政长官，顺天府、应天府虽然是京府，但也还是府级，府尹是不能管其他府州的。没官署、没机构、没长官自然就不能称之为政区了。
实际上，直隶用于现在的话说，就是“直接管辖的区域”，北直隶的意思就是“北边(中央)直辖的区域”。
其实这一制度还源自元朝，我们的
地图上一般把元朝中书省直辖区域就用“中书省”表示，元朝的中书省用现在的话说，就是“国务院”。元朝对这一区域则用“腹里”一词表示，明朝改用“直隶”表示。
后来撤消北平布政、按察两司后，原直隶改称南直隶，简称南直；而北平两司原辖区域也是直辖区，因此称为北直隶，简称北直。(同时撤消的还有北平都司，原辖卫所也由后军都督府直隶了)
至于《明史》中的京师、南京严格的说也是错误的，因为京师指京师城，南京指南京城，它们本身也都不是政区。只能说用京师代指北直、用南京代指南直。
2、南北直隶也有巡道和守道，但正因为南北直隶不是政区，所以各道的参政、参议、副使、佥事们只能挂靠在邻近的两司。其中：
北直隶密云、大名、天津、霸州四道，由山东带管；易州、口北、昌平、井陉、蓟州、永平等六道，由山西带管。
南直隶太仓、颍州、徐州三道，由山东带管；苏松、漕储、常镇、庐凤、徽宁池太、淮扬六道，由浙江、江西、湖广带管。
3、中央各部的职权也明显能看出来：
(1)、户部：明朝户部分十三清吏司，按布政司划分，每个清吏司管本布政司的事务，另兼管中央部门、南京部门、都司卫所、五城、特殊机构如盐司粮仓税关等和南北直府州的事务。其中：
北直八府二州事务归福建司管(福建司还管福建八府一州，福建都司、行都司、大宁都司、万全都司等事务，基本上北直事务也都归福建司管了，当然还管一些重要粮仓等)。
南直十四府四州事务归四川司管(四川司还管四川的府州、四川都司、行都司、中都留守司等事务，基本上南直事务也都归四川司管了)。
到了清朝，直隶省(于北直设立)事务仍归福建司；设江南省后，江南省(于南直设立)事务才划归新设的江南司管。
(2)、刑部：明朝刑部和户部一样，分十三清吏司，按本按察司(和布政司分区相同)划分，每个清吏司管本按察司的事务，另兼管中央部门、南京部门、都司卫所、王府、五城、特殊机构如盐司等和南北直府州的事务。其中：
北直顺天、永平、广平三府归云南司管，保定、河间、真定、顺德四府、保安州归贵州司管，大名府归四川司管，延庆州归广东司管。
南直应天府归广东司管，淮安、扬州二府归河南司管，安庆、徽州二府归广西司管，宁国、池州二府归湖广司管，苏州府归贵州司管，松江府归四川司管，庐州府归江西司管，太平府归陕西司管，凤阳府、滁州归山东司管，镇江府、徐州归山西司管，常州府、广德州归福建司管，和州归浙江司管。
其中广东、贵州、四川三司同时管有南北直的府州。
到了清朝，直隶省事务划归新设的直隶司；江南省事务划归新设的江南司，分成江苏、安徽二省后，也将江南司分成江苏、安徽两司。
(3)、监察御史：明朝监察御史分十三道，按布按两司划分，每道管本司事务，另兼管中央部门、南京部门、都司卫所、王府、五城、特殊机构如盐司、土司等和南北直府州的事务。其中：
北直顺天、永平、广平三府归云南道管，保定、真定二府归广西道管，河间、顺德二府、保安州归贵州道管，大名府归河南道管，延庆州归广东道管
南直应天府归广东道管，常州、池州二府归福建道管，安庆、徽州归广西道管，镇江、太平二府归山西道管，凤阳府、徐、滁二州归山东道管，松江府、广德州归四川道管，苏州府归贵州道管，扬州府归河南道管，庐州府归浙江道管，淮安府归江西道管，宁国府归湖广道管，和州归陕西道管
其中广东、河南、广西、贵州四道同时管有南北直的府州。
到了清朝，直隶省事务划归河南道，后划京畿道；江南省事务划归新设的江南道。
这从上面可以看出来，在在区域涉及地方具体事务的中央衙门中，南北直各府州都是由中央直管的，而且每个部门管得还不一样。
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