三峡水库淹没涉及湖北省宜昌市所辖的夷陵区、秭归县、兴山县，恩施州所辖的巴东县；重庆市所辖的巫山县、巫溪县、奉节县、云阳县、万州区、石柱县、忠县、开县、丰都县、涪陵区、武隆县、长寿县、渝北区、巴南区、重庆市主城区和江津市，共20个区、县、市。被淹没的陆地面积为632平方千米，占上述20个区县市总面积的1%。
三峡水库淹没线以下有两个城市的一部分被淹，一个是万州区城区，被淹47%（注：老城区基本全淹）；另一个是涪陵区城区，被淹25%。被全淹或基本被全淹的县城有8个：秭归县城归州镇、兴山县城高阳镇、巴东县城信陵镇、巫山县城巫峡镇、奉节县城永安镇、云阳县城云阳镇、开县县城汉丰镇和丰都县城名山镇。部分被淹的有忠县县城忠州镇，被淹31%；少部分被淹的有长寿县城城关镇，仅被淹4%。被淹的集镇和场镇有116个，其中重庆库区101个，湖北库区15个。
迁治：
龙宝移民开发区：由钟鼓楼街道文明路（原小万县市驻地）迁到龙都街道龙都广场（另万县区、天城移民开发区、五桥移民开发区的迁治与被淹关系不大）
开县：由汉丰镇老城区迁到驷马乡观音桥，驷马乡并入汉丰镇，现为汉丰街道
忠县：由忠州镇老城区迁到新城
云阳县：由云阳镇旧县城迁到双江镇青龙嘴
奉节县：由永安镇老城区迁到三马山刘家包
巫山县：由巫山镇老城区迁到新城区
巫溪县：由城厢镇老城区迁到新城村马镇坝新区（2010年城厢镇由老城区人民街迁到新城区广场东路）。现分拆为2个街道，新县城片区为柏杨街道，老县城片区为宁河街道
丰都县：由名山镇老城区迁到三合镇
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