永历元年（1647）三月，升武冈州为奉天府，为行在。同年八月为清军所夺，复旧（实际是不承认南明的所有改设，下同）。后一度夺回，未再改设。
永历二年（1648），改阿迷州为开远州，蒙自县为乐新县。十三年（1659），为清军所夺，复旧。
永历三年（1649）二月，析新兴、恩平、新会3县置开平县。崇祯年间筹置，永历三年复请设立。八年（1654）为清军所夺，复旧。十年（1656）清廷仍准立县。
永历四年（1650），李定国改云南省为云兴省，云南府为云兴府，昆明县为昆海县。永历八年（1654）正月下诏改府名为云兴府（云兴省、昆海县未予承认，疑复原名）。十年（1656）三月以云兴府为行在，改云兴府为兴龙府。十三年（1659），为清军所夺，复旧；一说昆海县至此一同复旧。
永历六年（1652）二月，升安隆所为安龙府，为行在。十二年（1658）十一月为清军所夺，复旧改为安笼所；笼，意为给龙字套个套子。
永历六年（1652）十一月，孙可望改辰州府为沅兴府；升沅州为沅兴府，置兴沅为黔兴府首县，改平溪卫为县来属，降靖州来属；二府俱隶贵州。八年（1654）正月下诏承认。十一年（1657）十一月孙氏降清，俱复旧。《沅州志》记为辖1州9县，为兴沅、麻阳、黔阳、通道、平溪及靖州（辖会同、绥宁、通道、天柱），但通道一县重复，按通道县在靖州最南端，应不由府直辖，疑府辖通道记录有误（清浪卫与平溪卫一同改县？）。
永历八年（1654）十一年，升安隆州（长官司？）、都康州、万承州、安平州、龙安州（龙英州？）为府？均在广西，具体不详。
