上海
1.上海市人民检察院第三分院（上海市人民检察院铁路运输分院加挂牌子）市检 2014.12
北京
2.北京市人民检察院第四分院（北京市人民检察院铁路运输分院加挂牌子）市检 2014.12
重庆
3.重庆市两江地区人民检察院（重庆铁路运输检察院加挂牌子）基层检 2020.7
青海
4.青海省三江源地区人民检察院（西宁铁路运输检察院加挂牌子）2021.12
陕西
5.陕西省秦岭北麓地区人民检察院（西安铁路运输检察院加挂牌子）基层检 2022.12
6.陕西省秦岭南麓地区人民检察院（安康铁路运输检察院加挂牌子）基层检 2022.12
7.陕西省关中平原地区人民检察院（西安沙坡地区人民检察院加挂牌子）基层检 2022.12
8.陕西省陕北高原地区人民检察院（铜川崔家沟地区人民检察院加挂牌子）基层检 2022.12
贵州
9.贵州省第一地区人民检察院（贵阳铁路运输法院加挂牌子）基层检 2023.1
广东
10.广东省第一地区人民检察院（广州铁路运输检察院更名）2023.2
11.广东省第二地区人民检察院（肇庆铁路运输检察院更名）2023.2
山西：山西转型综合改革示范区人民检察院（山西铁路运输检察院加挂牌子），不属于跨行政区划检察院
以下未设：
天津、河北、黑龙江、吉林、辽宁、河南、山东、内蒙古、宁夏、甘肃、新疆、西藏、湖北、安徽、江苏、浙江、福建、湖南、江西、四川、重庆、贵州、云南、广西、海南
