清康熙二十年(1682 年),福建沿海屡遭海盗、倭寇等侵扰。闽南漳州马坪村的市民为躲避兵荒马乱迁至现建新镇江边村南岸冲积洲居住。由于天气和地势原因,河道逐渐变宽向南扩张,逐步搬迁南移,民国20年(1931年)定居冠洲。因市民信奉福州于山九仙道观灵气,取村名九仙观洲,因福州方言“观”与“冠”谐音,故演化成现村名——冠洲村。民国时期,冠洲村属闽侯县六区(今建新镇)新民乡新兴胜境四十四都。解放后由互助组、初级合作社、高级农业合作社逐步改制,至1958年为建新区台屿公社冠洲联队,1969年为建新乡建红大队冠洲连队,1979年成立冠洲大队,1984年改为行政村。