甘肃省白龙江林业保护中心原名为甘肃省白龙江林业管理局，前身为白龙江林业局。1952年，白龙江林区由西北军政委员会批准成立，并逐年进行森工生产，是当时全国最早开发的大型森工企业之一。1952年至1969年由国家林业部直管，开发范围包括白龙江流域的四川九寨沟和若尔盖部分林区。1969年10月下放甘肃省，将四川境内的林区移交四川，将我省洮河林业局划入白龙江林业管理局，白龙江林区（包括洮河林区）辖区地处长江二级支流白龙江和黄河一级支流洮河上中游，是长江上游和黄河上中游重要的水源涵养区，林区面积1693万亩，其中有林地1503万亩，林木蓄积7424万立方米，是全国九大林区之一，是国家木材战略储备林和全省最大的国有林场群，在西北地区和全国原始森林生态领域具有重要战略地位。经营区域主要在甘南、陇南、临夏、张掖、定西、兰州、白银7市州18县。下设洮河、迭部、舟曲、白水江4个林业局，是全国135个国有重点森工局的组成部分。森工生产时期林区职工达16818人，共完成木材生产1686万立方米，上交利税34.6亿元，为新中国建设作出了重要贡献。1998年9月，白龙江林区积极响应党和国家号召，坚决贯彻省委省政府决策部署，在全省率先全面停止木材采伐，全面实施天保工程，完成了从木材生产向营造林和生态保护建设的发展转型。天保工程实施以来，白龙江林区开展大规模国土造林绿化和全方位森林资源保护，累计完成公益林建设人工造林240.25万亩，封山育林436.7万亩，飞播造林48万亩。完成各类生态建设投资25.9亿元。森林覆盖率由工程实施前的41.5%上升到52%，增加了10.5个百分点。有林地面积增加209万亩，蓄积增加1144万立方米，实现了森林面积和蓄积的双增长。
2015年，中共中央国务院作出国有林场改革的重大决定，白龙江林业保护中心作为全省国有林场改革的重点和难点，在省委省政府的坚强领导和关心支持下，2019年白龙江林业保护中心整体转制为公益性事业单位。将原4个林业局24个林场资源整合，改制为阿夏、插岗梁、博峪河3个省级自然保护区管护中心，洮河、迭部、南华、兰州北山4个生态建设管护中心及林业科学研究所、林业调查规划院、林木种苗检验检疫站、林业中学、中心医院、信息中心和宣教中心等7个直属单位，1个企业甘肃祁连葡萄酒业有限公司，均为正县级建制。
党的十八大以来，白龙江林业保护中心各级组织认真学习贯彻习近平新时代中国特色社会主义思想，习近平生态文明思想，深入践行绿水青山就是金山银山理念，大规模开展国土造林绿化，全方位落实森林资源管护和自然保护区管理。林区生态建设成效显著，迈入生态文明建设事业高质量发展新时代。森林资源总量显著增加，森林覆盖率大幅提高；生态环境明显改善，水土流失有效遏制。一些干旱的山谷地区小气候持续改善，空气湿度和降雨量明显增加；生物多样性持续恢复，野生动植物种类种群和数量大幅增加。多年未见的许多野生动物如羚牛、黑熊、豹、金丝猴、大熊猫、梅花鹿、狼、兰马鸡等国家一、二级保护动物相继出没，逐渐回到原来的栖息地。
