公元1842年(清道光二十四年)7月24日,中英签订不平等的《南京条约》,香港岛被英国占领。公元1860年(清咸丰十年)1月11日,九龙半岛因《北京条约》而被迫割让给英国。公元1898年(清光绪二十四年)4月21日,清政府又与英国签订《展拓香港界址专条》,将新界租给英国99年。至此,原属新安县的3076平方公里土地中,有1055.61平方公里脱离其管辖,深圳与香港从此划境分治。
公元1913年(民国三年),为避免与河南省新安县同名混淆,广东省新安县复称宝安县,县治仍在南头。抗日战争时期,南头沦陷,宝安县政府临时迁往东莞县。1953年,因深圳联接广九铁路,人口聚居较多,工商业兴旺,宝安县治东迁至距南头10公里外的深圳墟。