吉木萨尔县, 汉为车师后国。车师后部地, 神爵二年 (公元前60)始受汉朝领护。永平十七 (74) 在境内金满城置戊已校尉。唐贞观十四年 ( 640),设庭州, 下辖金满 (州治所在地) 、蒲类、轮台、西海四县。长安二年(702),在庭州设北庭大都护府、辖都护府二个, 都督府 (州级) 二十三个, 州二个, 管理天山以北至巴尔喀什湖以东以南地区。宋为高昌国属地, 其后王庭设在可汗浮图城, 元袭唐别失八里建制。宪宗元年 (1251) , 设别失八里行尚书省,至元二十年(1285),设别失八里宣慰司都元帅府, 管理北疆地区。明代为瓦刺游牧区仍臣属于明。清统一新疆后, 改为济木萨, 属镇西府所辖, 乾隆二十四年(1759), 设巡检;三十七年(1772), 现金隶属阜康县, 分驻县丞一员。光绪二十年(1894), 在恺安城南建新城, 名孚远。光绪二十八年(1902), 设县, 名孚远县, 为镇迪道迪化府所辖。后于民国时期归属迪化道 (后改为第一区, 又改为迪化区) 。中华人民共和国成立后,于1954年更名为吉木萨尔县, 隶属迪化专署, 1958年划归昌吉回族自治州管辖至今。