满清对蒙古也是采取同样的分化上层与下层策略。
满清入关并不代表少数民族利益，在满清二百多年的统治下，少数民族同样生活在空前黑暗中，满清对于准格尔部族的斩尽杀绝都是历史罕见的种族灭绝行为，对回族的种族歧视，对西南苗民屠杀都是空前的。就连视为“亲兄弟”的蒙古族，也用羁縻政策进行削弱。据《冯玉祥回忆录》记载：“蒙古本有一千二百万人。在满清长期统治之后，今已减少至五十万人。满清利用喇嘛教以统治蒙古人民，凡有兄弟八人者，七人须当喇嘛；兄弟五人者，四人须当喇嘛；仅有一人可为娶妻生子的平民。……女子没有充当喇嘛的福气，但又难找得相当的配偶，于是都做了内地人泄欲的对象。事实上形成一个乱交的社会。同时男女卫生都不讲究，染上淋病、梅毒以后，惟有听其自然。……若任其继续存在，马上就会有灭绝种族的危险!”
满清为了维护满洲人的利益将全国分而治之。满清采用“多元式统治”，“分区隔离”。全国分为满、汉、蒙、藏、维五区，区区隔离，特别是防备汉人到其他四区，防止汉人和其他四区有人员往来，在满清衰败前，汉官都是不能涉及其他四区事务的，满清是名副其实的“帝国主义”统治。实行的是“征服殖民地”政策。说满清促进了民族融合是无视历史事实。
