1949年7月设深甽区人民政府，驻地梅林，隶属宁海县府， 下辖三省、义溪、紫文三个乡，1950年6月撤销下辖的三个乡。1950年9月经省批准正式建立深甽区人民政府，下辖龙湖、三省、长大、香山、西店、紫溪、成文、紫文、桥棚九个乡。同年10月深甽区改称梅林区，隶属和下辖均未变动。
1951年8月土改结束后，通过民主建政，先后建立马岙、蒋坑、龙宫、双湖、柘溪、胜联、五美、圳水、三桥、大蔡、香山、仁合、西店、团堧、桥棚、紫溪、凫溪、紫文、下河、方前二十个乡。1956年2月撤销梅林区，二十个乡合并为龙马、双湖、里大、长圳、西店、紫溪、梅林七个大乡。同年3月龙马乡改为马岙乡，里大乡改称大里乡， 长圳乡改称长洋乡属宁海县府直接领导。
1957年1月恢复梅林区，下辖马岙、双湖、大里、长洋、西店、紫溪、梅林七个乡。1958年10月撤销梅林区，建立西店、深甽两个大公社。 西店公社下辖：西店、香山、紫溪、梅林、凤潭五个管理区，公社驻地集义，深甽公社下辖：马岙、双湖、大里、深甽四个管理区， 公社驻地深甽村。
1959年12月，经省人委民字第899号文件批复：西店、深甽两公社划归奉化县，深甽公社下辖：马岙、双湖、大里、深甽、大蔡(新建)五个管理区，西店公社下辖：西店、紫溪、香山三个管理区(风潭、梅林两管理区留宁海县属梅林公社管辖)，隶属奉化县府。1961年9月，撤销西店、深甽公社，建立西店、深甽两个区，下辖一律改称公社管委会，范围未变，隶属奉化县府。
1961年12月30日，省人委民字第556号批文，西店、深甽两区从奉化划回宁海，下辖未变，隶属宁海县，1962年1月。梅林、风潭两公社划归西店区管辖， 同年4月， 梅林、凤潭两公社又划归桥头胡区管理。1964年1月15日，经宁波地委批准，西店深甽合并为深甽区，下辖：西店、紫溪、香山、大蔡、深甽、大里、双湖、马岙8个人民公社，隶属未变。
1965年4月19日省委批文，撤销深甽区建立深甽特区，属地、县双重领导，以县为主，下辖未变，同年12月地委批准将双峰、西溪二个公社划归特区管辖。下辖增加到10个公社。1967年12月撤销深甽特区。恢复深甽区。同时又将双峰、西溪两公社划回黄坛区，下辖减少到8个公社，隶属未变。
1969年2月建立深甽区革委会，下辖8个公社改称公社革委会，1981年1月撤销区革委会。重新建立深甽区公所，下辖改称公社管委会，隶属未变。1984年1月深圳区下辖的8个公社相继建立乡，1985年西店、深甽两乡先后经省批准建立建制镇，全区下辖六乡、两镇、隶属宁海县府。
1992年5月撤销深甽区建制。
