两家的关系估计比较特殊，浏览交通运输部、中华人民共和国海事局、长江航务管理局、长江海事局、江苏海事局四家的官网以及《直属海事系统2016年度招录公务员职位表》、交通部《关于深化长江航运行政管理体制改革的意见》解读等内容可以推测：江苏海事局原先是长江海事局的正厅级派出机构（或是交通部委托长江海事局管理的派出机构），但在2016年长江航运管理体制可能发生了改革，调整为交通部委托长江航运管理局管理，但还是业务目前仍由长江海事局领导。（长江海事局其实也类似，由交通部委托长江航运管理局管理，海事业务由交通部海事局领导）
具体而言：
1、江苏海事局在编制上和干部管理是交通部直属海事机构，正厅级单位。这可以从江苏海事局官网介绍、《直属海事系统2016年度招录公务员职位表》可以直观看到。
2、交通部将江苏海事局委托给长江航务管理局管理，如《关于深化长江航运行政管理体制改革的意见》说“长航局受部委托管理长江海事局、江苏海事局、长江航道局、长江口航道管理局、长江航运公安局、长江通信管理局、长江三峡通航管理局等单位”，又如长江航务管理局官网2016年11月更新的信息也是“长航局现有6个直属单位，其中长江海事局、长江航道局、长江三峡通航管理局为正局级单位，长江航运公安局为副局级单位，长江航运总医院、中国水运报刊社为正处级单位。”
3、江苏海事局在海事业务上仍受长江海事局领导，故江苏海事局不是通常的14家直属海事机构之一，中华人民共和国海事局官网也没将其列为直属单位，长江海事局官网有大量江苏海事局的信息。但目前是否认为管理与被管理的关系很难说，长江海事局的介绍很可能是未及时更新的结果，目前长江海事局官网组织机构图中已将江苏海事局去除，派出机构介绍中江苏海事局虽仍在列表中，但具体介绍已被删除。
