1950年台湾行政区划改制到1962年4月1日台北县三重镇改制为市为止 只有6个县辖市
民国44年(1955年)1月20日,福建省政府于金门正式恢复建制,并于马祖设立闽东北行政公署,管辖连江、长乐、罗源3县之政务。7月,闽东北行政公署改制为福建省第一行政督察专员公署。民国45年(1956年)7月16日,国民政府为适应战时需要,统一战地军政指挥,实施金门、马祖地区“战地政务实验办法”,令省政府移驻台湾省台北县新店镇办公,并予以虚级化,负责研究有关“收复福建地区之重建计划方案及对大陆福建地区广播、闽侨联系、人才储备与不属战地政务之一般省政工作”
福建省政府是在民国85年(1996年)1月15日,省政府奉中央政府命令,从台湾省台北县新店市(今新北市新店区)迁回金门办公