2001年9月10日，根据党中央、国务院、中央军委关于军队保障性企业调整改革的重大决策，山丹马场整体无偿移交中国牧工商（集团）总公司管理，更名为甘肃中牧山丹马场总场，下辖一、二、三、四场及机械厂、化肥厂、电力公司、酒业公司、矿业公司、供销公司、油脂公司、牧业公司等12个二级企业和农牧研究所、中学、医院、兰州干休所、张掖干休所、山丹干休所6个事业单位。
2006年3月30日，山丹马场6所中小学和公安机构分别移交山丹县人民政府和张掖市人民政府管理。2006年底总场下辖4个农牧场、8个社区、4个事业单位、10个工商（矿）企业。
