1996年2月13日，经福建省政府批准成立湄洲湾北岸经济开发区管委会，由莆田市直辖，对笏石、忠门、秀屿、灵川4个镇行使管辖权，负责湄洲湾北岸经开区经济建设。
1997年10月，忠门镇区划调整，增设山亭、东埔、月塘3个乡。1999年7月，灵川镇区划调整，增设东海镇。湄洲湾北岸经开区辖笏石、忠门、秀屿、灵川、东海5个镇，山亭、东埔、月塘3个乡。
2000年5月，省民政厅同意东埔乡设为镇建制；12月，秀屿镇更名为东庄镇。湄洲湾北岸经开区辖笏石、忠门、东庄、灵川、东海、东埔6个镇，山亭、月塘2个乡。
2002年2月1日，国务院批准，撤销莆田县，设立莆田市荔城区和秀屿区。其中秀屿区以原北岸经开区管委会基础上组建。原北岸经开区管委会辖下的灵川镇、东海镇划归城厢区管辖，将原莆田县的东峤镇、埭头镇、平海镇、南日镇划入秀屿区管辖。湄洲岛管委会行政职权不变（管辖涠洲镇），区划上归属秀屿区。至此，秀屿区管辖笏石、东庄、东峤、埭头、平海、南日、月塘、忠门镇、东埔镇和山亭乡等10个乡镇，由涠洲岛管委会代管涠洲镇。
2007年3月，国家发改委、国土资源部、建设部核准保留北岸经开区为省级开发区；4月，市委、市政府对重新挂牌的北岸经开区区域进行调整，调整后的北岸经开区管委会辖忠门镇、东埔镇和山亭乡，区划上仍隶属秀屿区。北岸经开区辖忠门镇、东埔镇和山亭乡。
2010年1月，山亭乡改为镇建制。北岸经开区辖忠门镇、东埔镇和山亭镇。
