以下整理台灣中央單位所轄的博物館
文化部
1.國立國父紀念館
臺北市信義區仁愛路四段505號
係紀念中華民國國父孫中山百年誕辰而興建的綜合性文化紀念設施，於1972年5月16日落成啟用。
2.中正紀念堂
臺北市中正區中山南路21號
中正紀念堂是位於中華民國臺北市中正區的國家紀念建築，是中華民國政府為紀念已故前總統蔣中正而興建，為眾多紀念蔣中正的建築中規模最大者，1980年落成。管理機關為中華民國文化部轄下的「國立中正紀念堂管理處」。
3.國家人權博物館
景美紀念園區:新北市新店區復興路131號
綠島紀念園區:臺東縣綠島鄉將軍岩20號
國家人權博物館（簡稱人權館）為中華民國設立的國家級人權博物館，下轄白色恐怖景美紀念園區及白色恐怖綠島紀念園區兩座園區。2018年3月15日正式成立。
4.國立歷史博物館
臺北市中正區南海路49號
位於臺灣臺北市中正區南海學園內，是中華民國政府遷臺後成立的第一個公立博物館，部分文物來自原河南博物館（即今河南博物院）。
原址為1916年建成的臺灣總督府物產陳列館。
5.國立臺灣博物館
臺北市中正區襄陽路2號
該館始建於日治時代，是臺灣歷史最悠久的博物館，1908年成立。本館位於臺北市二二八和平紀念公園北側，另於台北市內設有數處館區。本館建物以前身「臺灣總督府博物館」
6.國立臺灣史前文化博物館
臺東縣臺東市博物館路1號
國立臺灣史前文化博物館（簡稱史前館）位於臺灣臺東縣臺東市，1990年成立。是臺灣主要的公立人類學與自然史博物館之一，也是臺灣東部唯一的國家級博物館，以臺灣史前文化和臺灣原住民族文化的文物收藏、研究與教育推廣為主。
7.國立臺灣美術館
臺中市西區五權西路一段2號
國立臺灣美術館（簡稱國美館）為全國最大的公共美術館。位於臺灣臺中市西區。1988年開館時為「臺灣省立美術館」，隸屬於臺灣省政府，1999年實行精省後，改隸行政院文化建設委員會（今中華民國文化部），並改為現名
8.國立臺灣工藝研究發展中心
南投縣草屯鎮中正路573號
1954年成立。是中華民國文化部位於南投縣草屯鎮的所屬機關。主要目標在於加強工藝文化研究、保存特有工藝技術、培育優秀工藝人才，以及辦理工藝競賽與展覽；
9.國立傳統藝術中心
宜蘭縣五結鄉五濱路二段201號
2002年成立。主要任務為統籌、規劃、推動臺灣傳統藝術的調查、保存、傳習及推廣工作。
10.國立台灣文學館
臺南市中西區中正路1號(湯德章大道1號)
2003年成立。國立臺灣文學館以蒐藏、保存、研究、展示及推廣臺灣文學為核心任務，亦是臺灣文學與世界文學交流的重要據點。
11.國立臺灣歷史博物館
臺南市安南區東和里007鄰長和路一段250號
2003年成立。展示內容著重在臺灣歷史，包括多民族長時間與臺灣自然環境互動的歷史。另外也包括臺灣對外關係、臺灣各族群、以及現代化的臺灣等多項展覽主題
教育部
1.國立臺灣科學教育館
臺北市士林區士商路189號
1956年創立。2003年遷入目前士林的現址。簡稱科教館，位於臺北市士林區的臺北科學藝術園區內，以普及全國科學教育，提升全民科學素養，並輔導中等以下學校與社會教育機構推行科學教育業務為設立宗旨。
2.國立自然科學博物館
臺中市北區館前路1號
簡稱科博館，1986年成立。每年參觀人數居臺灣博物館第二，僅次於國立故宮博物院，平均三百萬人次左右，是最受歡迎的自然史博物館。
3.國立科學工藝博物館
高雄市三民區九如一路
簡稱科工館，1997年成立。位於台灣高雄市三民區，是台灣第一座應用科學博物館（有別於國立自然科學博物館以自然科學為主）。以蒐藏及研究科技文物、展示與科技相關主題、推動科技教育暨提供民眾休閒與終身學習為其主要功能
4.國立海洋生物博物館
屏東縣車城鄉後灣村後灣路2號
簡稱海生館，1991年籌備成立，於2000年2月25日開放。是以海洋生物為主題的大型博物館
5.國立海洋科技博物館
基隆市中正區北寧路367號
國立海洋科技博物館（簡稱海科館、海博館）是位於臺灣基隆市中正區的科學博物館，以海洋相關科技為展示主題。
除了以上單位之外，還有一個直屬行政院的國立故宮博物院。
國立故宮博物院
臺北市士林區至善路二段221號（北部院區）
嘉義縣太保市故宮大道888號（南部院區）
國立故宮博物院的前身是成立於京兆地方（今北京）紫禁城外廷的古物陳列所，1925年10月10日在紫禁城內廷另外組織了故宮博物院，後來因為抗日戰爭爆發輾轉遷移至南京市和四川省等地，古物陳列所於第二次世界大戰後裁撤併入國立中央博物院籌備處。隨後第二次國共內戰衝突導致時局再陷動盪，包括國立北平故宮博物院在內的6個機構於是在1948年11月10日決定遷往臺灣，幾經改組易名，最終由國立北平故宮博物院和國立中央博物院籌備處合併為國立故宮博物院，1965年11月12日在臺北現址復院開幕。
