主要是因为 内人党事件 吧
文革爆发之后,把民主革命时期从事过革命活动的“内蒙古人民革命党”进行歪曲的历史分析,并断定1947年5月1日内蒙古自治政府成立以后仍有地下“内人党”活动,定性为“反革命组织”。到1969年4月,形成了挖“内人党”的高潮。1969年4月,在中共“九大”期间,当时中央的结论只是认为在挖“内人党”工作中犯了扩大化错误,“反乌兰夫、挖‘内人党’、清理阶级队伍,方向还是对的。”7月5日,中共中央批准改变内蒙古统一的行政区划,将呼伦贝尔盟(突泉县、科尔沁右翼前旗除外)划归黑龙江省;哲里木盟和呼伦贝尔盟突泉县、科尔沁右翼前旗划归吉林省;昭乌达盟划归辽宁省;巴彦淖尔盟的阿拉善左旗和阿拉善右旗的巴彦诺尔、乌力吉、塔木素、阿拉滕敖包、笋布尔等公社划归宁夏回族自治区;巴彦淖尔盟阿拉善右旗其余部分和额济纳旗划归甘肃省。这是“九大”错误的方针在民族问题上的表现。