明初，流官武缘县属南宁府，与土思恩州是两个独立单位。

思恩州土知州岑氏，受明庭重用，于是思恩土州升为思恩土府，辖境也有扩张。

正德嘉靖年间，思恩府岑氏作乱，思恩土府改流为流官思恩府。（负责善后改流的是王守仁）
新设立的流官思恩府下辖：
原土思恩府境，大体上被分为九个土巡检司（下旺、旧城、白山、都阳、安定、兴隆、那马、定罗、古零），辖于流官思恩府；
将上林土县、新改流的奉议州，来属流官思恩府；
另外，王守仁选择武缘县止戈乡荒田驿（即今武鸣区府城镇，思恩府治至清末未有迁移）作为府治筑城建设，于是将包含府城在内的原武缘县止戈二里划入思恩府，从而未发生寄治。

包含府城在内的止戈二里，作为编户齐民地区，是流官思恩府最狭义的“本辖”。
另一方面，流官思恩府上承思恩土州/府，本体是九土巡检司地区，九土巡检司地区也可视作“本辖”，但也可以将其视作九个准县级政区。
思恩府的形态与贵州开省八府类似而不同于一般的府，这些府虽为流官，但辖境内以土司土民为主，编户齐民较少，领县极少且无倚郭县。此一阶段的改土归流还局限于剪除思播贵田这些大土司，而土民仍直辖于各种小土司。随着改流的深入，开省八府下辖的小土司逐渐撤销，土民成为编户，从而成为具有一定体量的府本辖。

万历七年，由于思恩府内土民比例过大，于是将武缘县划入思恩府以在体量上平衡九土巡检司，同时将包含府城在内的止戈二里还属武缘县。
此后思恩府形成了较为特别的形态：
武缘县治虽与思恩府治不同城甚至相距较远，但因为思恩府治在武缘县境内，明史地理志等一般资料会将武缘县视作思恩府的倚郭县；
另一些资料则认为，思恩府不设附郭县，如清史稿地理志；
惠州、凤阳虽然也是府县不同城，但其府县治相距较近不过数里，甚至凤阳府县城本就是中都大城坍缩的产物，类比于六朝南京，把他们都视为同一城市的不同组成部分也不为过。但武缘县城、思恩府城，则相距极远（35km）毫无关联。

思恩府失去了狭义的府本辖即止戈二里。《行政区划通史》根据雍正广西通志卷十二疆域的说法，认为思恩府有“府本辖”。但同书卷三十户口中，思恩府户口数即为下属武缘、宾州、迁江、上林四属之和（土司辖地不记户口），因此推测“思恩府本辖”实为以九土巡检为主的土司辖境、也有可能是除去九土巡检外的更小的土司辖境的总和，但无论如何思恩府并不具备编户齐民的府本辖。


辛亥革命后，各省当局对府州县厅的处理不同，而广西省的做法是存府，废倚郭县入府直辖。
此时广西督军陆荣廷出身武缘县，遂改思恩府为武鸣府，武缘县废入之，府治旧武缘，思恩府治失去治所地位，后武鸣同全国一起划一为县。
同时，原有的九土巡检司，除那马在清末设厅之外，八土巡检司已径称为“土司”，民国初年被视作县级行政区并逐步改土归流，组成或并入隆山、都安、果德、那马、思林等县。

从中也可看出时人的认知：思恩府无本辖，首县为武缘县，惟不同城倚郭；八土巡检司可视作准县级政区而非府本辖。
与之相对的，贵州诸府、承德府等均以府本辖转设一县。








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