臺灣許多公衛政策的執行都是由各地公立醫院推動的。其中又分成數個系統
臺灣的公立醫院系統
1.衛福部系統,(原為臺灣省政府衛生處所屬之各地省立醫院,1999年7月1日精省後改隸行政院衛生署醫院管理委員會(今衛生福利部附屬醫療及社會福利機構管理會)。
台北區:基隆、臺北、雙和、金門
北區:桃園、苗栗、樂生療養院、八里療養院、桃園療養院、
中區:豐原、臺中、彰化、南投、草屯療養院
南區:嘉義、朴子、新營、臺南、胸腔病院、嘉南療養院
高屏區:旗山、屏東、恆春旅遊、澎湖醫院
東區: 花蓮、臺東、玉里
2.退輔會系統,分成北中南三大區域,北榮,中榮,高榮為核心。其中北北基桃竹苗花東歸給北榮,台中南投雲林嘉義分給中榮。台南高雄屏東分給高榮。這裡的區分跟其他體系的區分有所差異。
台北榮總,北榮圓山分院,北榮蘇澳分院,北榮桃園分院,北榮新竹分院,北榮鳳林分院,北榮玉里分院,北榮台東分院
台中榮總,中榮埔里分院,中榮嘉義分院,中榮灣橋分院
高雄榮總,高榮台南分院,高榮屏東分院
3.軍醫院系統,隸屬國防部
台北區:三軍總醫院
高屏區:國軍高雄總醫院
中區:國軍台中總醫院
北區:國軍桃園總醫院,國軍新竹地區醫院
東區:國軍花蓮總醫院
4.公立大學附設醫院系統,隸屬教育部
台灣大學醫學院附設醫院:總院,金山分院,北護分院,新竹分院,竹東分院,雲林分院
成功大學醫學院附設醫院:總院,斗六分院
陽明大學醫學院附設醫院
5.法務部矯正署臺中監獄附設培德醫院(主要的病人是監獄受刑人)
6.其他地方政府的公立醫院
台北市立聯合醫院:中興院區,昆明院區,和平院區,婦幼院區,陽明院區,忠孝院區,林森中醫院區,松德院區,仁愛院區 (臺灣規模最大的市立醫院系統)
新北市立聯合醫院:三重院區,板橋院區,土城院區
台中市立醫院:台中市立復健醫院,臺中市立老人醫療保健醫院
台南市立醫院,台南市立安南醫院
高雄市立醫院:聯合醫院,大同院區,民生醫院,小港醫院,旗津醫院,中醫醫院,凱旋醫院,鳳山醫院,岡山醫院
基隆市立醫院
連江縣立醫院