2005年6月21日，国务院常务会议批准上海浦东新区进行综合配套改革试点。
2006年5月26日，国务院发出《关于推进天津滨海新区开发开放有关问题的意见》（国发〔2006〕20号）：批准天津滨海新区为全国综合配套改革试验区。
2007年6月7日，国家发展和改革委员会发出《关于批准重庆市和成都市设立全国统筹城乡综合配套改革试验区的通知》（发改经体〔2007〕1248号）：经报请国务院同意，批准设立重庆市和成都市全国统筹城乡综合配套改革试验区。
2007年12月14日，国家发展和改革委员会发出《关于批准武汉城市圈和长株潭城市群为全国资源节约型和环境友好型社会建设综合配套改革试验区的通知》（发改经体[2007]3428号）：经报请国务院同意，批准武汉城市圈和长株潭城市群为全国资源节约型和环境友好型社会建设综合配套改革试验区。2008年国务院发出《关于武汉城市圈资源节约型和环境友好型社会建设综合配套改革试验总体方案的批复》(国函〔2008〕84号)和《关于长株潭城市群资源节约型和环境友好型社会建设综合配套改革试验总体方案的批复》(国函〔2008〕123号)。
2009年，国务院发出《关于深圳市综合配套改革总体方案的批复》(国函〔2009〕56号)。
2010年4月6日，国家发展和改革委员会发出《关于批准设立沈阳经济区国家新型工业化综合配套改革试验区的通知》（发改经体〔2010〕660号）：经报请国务院同意，批准设立沈阳经济区国家新型工业化综合配套改革试验区。2011年，国务院发出《关于沈阳经济区新型工业化综合配套改革试验总体方案的批复》(国函〔2011〕102号)。
2010年12月1日，国务院发出《关于设立山西省国家资源型经济转型综合配套改革试验区的通知》（发改经体〔2010〕2836号）：经报请国务院同意，同意设立山西省国家资源型经济转型综合配套改革试验区。2012年，国务院发《国务院关于山西省国家资源型经济转型综合配套改革试验总体方案的批复》(国函〔2012〕98号)。
2011年3月4日，国务院发出《关于浙江省义乌市国际贸易综合改革试点总体方案的批复》（国函[2011]22号）。
2011年，国务院发出《关于厦门市深化两岸交流合作综合配套改革试验总体方案的批复》（国函〔2011〕157号）。
2013年6月13日，国务院发出《关于黑龙江省“两大平原”现代农业综合配套改革试验总体方案的批复》（国函〔2013〕70号）。
