1988年，根据垦利县委办公室《关于建立“中国共产党垦利县垦东工作委员会”和“垦利县垦东办事处”的纪要》，设立垦利县人民政府垦东办事处。
因油田会战时此地取名孤东，故设办事处名为孤东办事处。后为加强对垦东地区的管理，加强土地资源与其他自然资源的管理，协调工农关系，支援四化建设，满足黄河三角洲开发建设形势的需要，故以所在政区名（垦利县）及其业务性质命名为垦利县人民政府垦东办事处。
1985年6月，前身称垦利县孤东办事处成立。1988年8月，成立垦东办事处，属县政府派出机构，正科级建制。地址沿革：办公地址始为地方国营孤岛林场北邻，2007年11月22日迁于现址，现位于垦利县孤东大红门西侧。内设机构调整：1988年底，垦东办事处内设机构为人秘科、财务科、荒洼管理站、油区管理站、劳务市场管理办公室、劳务工程公司；1989年4月，成立劳务管理科，为行政单位；1990年3月，撤销人秘科，设立办公室、政工科；1992年4月，设立计划生育办公室，为股级事业单位；1993年10月，内设机构为党政办公室、经贸股、计划生育办公室、土地管理办公室；1998年9月，成立垦利县土地管理局垦东分局，同时，垦东办事处土地管理办公室撤销；2002年7月，党政机构合并设置为党政办公室、经贸办公室2个综合性办公室，财政拨款事业单位2个，分别是计划生育服务站、工农站，非财政拨款事业单位1个，即劳务管理站；2012年8月，内部机构为2个党政工作机构，分别为综合办公室、财经办公室，2个财政拨款事业单位，分别是人口和计划生育服务中心、油区工作办公室；2014年5月，人口和计划生育服务站更名为妇幼保健计划生育服务站；2015年2月，设立安全生产监督管理服务中心，机构规格股级。2016年8月2日，正式撤销垦利县，设立东营市垦利区。后变更为垦利区人民政府垦东办事处。
