宋太祖开宝八年(975年)属建州;治平三年(1066年)分建安地置瓯宁县,水吉属瓯宁。民国初袭清制。民国2年(1913年),建安、瓯宁二县合并为建瓯县,水吉是建瓯县禾供里,包括现在水吉镇管辖的陈地、叶中、水吉、青田、玉瑶、吴中等村;回龙乡管辖的均中、白沙、回龙、浒州、马岚等村;浦城濠村乡管辖的溪口、毛墘、仑下、濠村等村。民国5年,设立水吉镇。民国27年,置水吉特种区,直隶于省政府,辖地在原第六区的基础上,将崇安里的双坪、溪头、台尾、大庙、高历、前岚、下坑、上坋、马历等村划入。民国29年,撤销特种区建制,置水吉县。下辖复兴、小湖、大庙3个镇及太平、大安、漳墩、杭头、上墘、龙村、濠村、外屯、下墘、回龙、马坑11个乡。民国33年,将原3镇11乡改为1镇10乡,即复兴镇和小湖、大庙、大安、漳墩、杭头、下墘、龙村、濠村、回龙与外屯等乡,直至解放。
1949年5月水吉县解放,沿袭民国时期的区划建制。1949年8月,水吉县划为4区1镇52乡。
一区(水吉区):下辖复兴镇及青潭、郑墩、叶中、大安、安口、仁山、溪堀、池中与西山9个乡。
二区(下墘区):下辖下墘、平畲、芡地、崙尾、余源、杭头、碓后、上墘、苏源、汴地、梨坪、石壁、吴池、漈头、龙村与仰坑16个乡。
三区(回龙区):下辖回龙、垄下、浒洲、漳墩、龙安、杭下、康屯、邵村、外屯、沙堤、黄村、濠岭、仑下、南头、大坪、溪口与马岚17个乡。
四区(小湖区):下辖小湖、大湖、马坑、东鲁、鸿溪、大亩、长头、羊居、葛台与高历10个乡。
1952年10月,实行小区乡制,全县共设6个区、3个镇、51个乡。
一区:下辖城关镇、叶中乡、青田乡3乡(镇)。
二区:下辖下关、崙尾、陈地、黄凌、岭头,龙溪、新村、石壁、龙村、梨坪、前岚与吴地12个乡。
三区:下辖回龙、龚中、浒州、马岚、溪口、仑下、南头、濠村与后濠9个乡。
四区:下辖小湖镇及大湖、贵源、马坑、东鲁、鸿庇、溪头、高历、双坪与长头10个乡(镇)。
五区:下辖郑墩、营头、玉瑶、大梨、安口、双溪、留中、南岭、池中与后井10个乡。
六区:下辖杭头镇及漳墩、龙安、苏源、上墘、杭下、邵村、外屯、沙堤与凤凰10个乡(镇)。
1955年2月,再次变动行政区划,全县设6个区、3个镇、68个乡。
一区(城关区):下辖城关镇及青田、叶中、吴中与龚中5个乡(镇)。
二区(下墘区):下辖下墘、黄地、岭头、余源、汴地、新村、龙溪、陈地、黄凌、梨坪、吴地、龙村、前岚、石壁与崙尾15个乡。
三区(回龙区):下辖回龙、垄下、浒州、马岚、澄溪、溪口、毛墘、仑下、樟元、南头、后濠与濠村12个乡。
四区(小湖区):下辖小湖镇及贵源、小湖、马坑、东鲁、鸿庇、溪头、双坪、台尾、高历、长头、黄地与谢地13个乡(镇)。
五区(郑墩区):下辖郑墩、营头、玉瑶、大梨、仁山、安口、留中、双溪、西溪、池中、南岭与后井12个乡。
六区(漳墩区):下辖杭头镇及漳墩、竹口、龙安、松源、南坑、邵村、外屯、凤凰、沙堤、上墘、苏源、杭下与焦坑14个乡(镇)。
同年7月,改变区划,将全县划为4个区,1个镇、70个乡。同时,水吉县人民政府改称水吉县人民委员会。
一区:下辖水吉镇及青田、叶中、吴中、龚中、郑墩、营头、玉瑶、大梨、仁山、安口、留中、双溪、西溪、池中与后井16个乡(镇)。
二区:下辖汴地、新村、龙溪、陈地、黄凌、梨坪、吴地、龙村、前岚、石壁、崙尾、下墘、岭头、杭头、松源、秦溪、上墘与苏源18个乡。
三区:下辖回龙、垄下、浒州、马岚、澄溪、溪口、毛墘、仑下、樟元、南头、后濠、濠村、竹口、龙安、杭下、焦坑、南坑、邵村、外屯、凤凰、沙堤与漳墩22个乡。
四区:下辖小湖、贵源、大湖、马坑、东鲁、鸿庇、溪头、双坪、台尾、大庙、高历、长头、谢地、黄地与南岭15个乡。
1956年7月9日,经国务院全体会议第34次会议通过,撤销水吉县,将水吉县所属的第一、五、六3个区和第二区的5个乡,第三区的6个乡,第四区的6个乡划归建阳县;第二区的10个乡,第四区的7个乡划归建瓯县;第三区的6个乡划归浦城县。
同年9月25日,正式撤销水吉县建制。原水吉县所属71个乡(镇)中划归建阳县管辖的48个乡(镇)是:一区的城关镇(水吉镇)及青田、叶中、吴中、龚中4个乡;二区的下墘、黄地、岭头、陈地、仑尾5个乡;三区的回龙、垄下、浒州、马岚、澄溪、南头6个乡;四区的小湖、贵源、大湖、马坑、东鲁、鸿庇6个乡;五区的郑墩、营头、玉瑶、大梨、仁山、安口、留中、双溪、西溪、池中、南岭、后井12个乡;六区的漳墩、杭头、竹口、龙安、松源、南坑、邵村、外屯、凤凰、沙堤、上墘、苏源、杭下、焦坑14个乡。