通州境域,初为长江口海域中几块相邻的沙洲,南北朝中期出水,唐末与大陆涨接。五代初称静海镇。后周显德五年(958年)建通州,领静海、海门两县,属扬州。静海县辖有狼山、蔡港、西寨、石港、余庆五寨地。宋仁宗天圣元年(1023年)改通州为崇州,又名崇川,属淮南东路;明道二年(1033年)仍称通州;徽宗政和七年(1117年)改为静海郡,不久复名通州,属扬州。元世祖至元十五年(1278年)升为通州路;至元二十一年复为通州,属扬州路,隶江北淮东道廉访司。明洪武元年(1368年)废静海县,通州直管静海本土,领海门、崇明两县,属扬州府;洪武九年划崇明县归苏州府,通州仅领海门一县。嘉靖年间(1522~1566年),通州除州城外,分6乡6场。清顺治二年(1645年)属江南省扬州府;康熙六年(1667年)起属江苏省扬州府;康熙十一年,因江岸坍没,海门废县为乡,并入通州;雍正二年(1724年),升为直隶州;宣统元年(1909年),设定3市区、10镇区、8乡区;宣统二年,市区、镇区改为市,乡区改为乡。
中华民国元年(1912年)5月,废州,改称南通县,属江苏省;全县仍设13市、8乡,民国9年增设三余乡。民国18年,市乡合并为18个区,区下设镇、乡、闾、邻;民国23年又并为13个区,区下设镇、乡、保、甲。抗日战争与解放战争时期,多种政权并存,行政区划变化频繁。
1949年2月2日,南通县全境解放后,划城区及港闸等地另置南通市,城乡分治。南通县政府移驻金沙镇,属南通专署管辖。同年10月,全县行政区划为12个区、159个乡。1956年2月和1957年10月两次并区并乡后,全县为8个区47个乡,3个县属镇,2个区属镇。1958年3月,撤销区建制,设通海、通中、通东、通北、通西5个片。1958年成立38个人民公社,实行政社合一,公社下设大队,大队下设生产队;后公社范围逐步调小,至1982年全县有61个公社、5个县属镇。1961年9月,恢复8个区建制;1966年增设十总区。
1983年实行市管县体制,属南通市管辖。同年,政社分设,公社改为乡,大队改为村,生产队改为村民小组,年末,全县为9个区、60个乡、5个县属镇、1个海洋渔业公社。1984年5月,实行镇管村体制,全县设14个镇、43个乡,以后各乡先后改建为镇。1987年2月,撤销区委、区公所,按原行政区域设9个区工委和指导组。
1991年1月,陈桥、幸福、秦灶、新开3乡1镇和小海镇的6个村划归南通市区后,县境面积为1637平方公里,人口145万有余。1992年末,全县为17个镇、32个乡、1个海洋渔港管理委员会、36个居民委员会、884个村。
1993年2月,南通县撤销改设通州市。1996年4月机构改革中,9个区工委、指导组撤销。2000年全市行政区划再次调整,原49个乡镇撤并为26个。
2001年4月,观音山、小海、竹行3镇和市良种场、种畜场划归南通市区,通州市行政区域内的南通农场(省属)和东方红农场(省属)也划入南通市区范围。2002年末,通州市辖23个建制镇,3个街道办事处,376个行政村,52个社区,5个农场。2005年,新设北兴桥、三门闸、五接、李港、海晏5个社区居委会,全市有23个建制镇,4个街道办事处,376个行政村,57个社区,5个农场,总面积1351平方公里,总人口126.25万人。2006年,石港镇金庄村并入金庄社区,刘桥镇凤仙村并入刘桥社区;三余镇设立五甲苴社区。年末,全市有23个建制镇,4个街道办事处,374个行政村,58个社区,5个农场。总面积1351平方公里,总人口125.64万人。2007年,北兴桥、海晏镇并入三余镇,原三余镇的原忠义乡并入东社镇,新联镇并入刘桥镇,年末,全市辖20个建制镇,374个行政村,58个社区居委会,5个农场,总面积1351平方公里,总人口124.89万人。
原通州市为江苏省计划单列市,隶属南通市,位于江苏省东南部长江入海口北岸,东临黄海,南濒长江,与苏州隔江相望,和上海灯火相邀,区位优势得天独厚。截至2007年末,全市面积1351平方公里,人口124.89万,下辖20个镇和1个省级经济开发区,374个村民委员会,58个居民委员会,5个农场,9023个村民小组。市政府设在金沙镇。2008年1月4日,川港镇与姜灶镇合并,原川港镇所辖川港居委会和志浩、志南、川北、川港、川南、荣兴、保障、斜桥、川西、启江、双桥、三合口12个村委会及原姜灶镇所辖姜灶居委会和磨框镇、义成、姜中、姜川、望海台、三圩埭、朝东圩、夏四店、大石桥、金普、双池头、复兴12个村委会归川姜镇管辖;原川港镇所辖八字桥、安东、南兴、大成、保通、通海、竖积洪、培德8个村委会划归张芝山镇管辖;原姜灶镇所辖董家埭、利民、周照港、正场、民平5个村委会划归先锋镇管辖。行政区划调整后,通州市辖19个镇,分别是:金沙镇、西亭镇、二甲镇、三余镇、石港镇、十总镇、兴东镇、兴仁镇、平东镇、平潮镇、五接镇、四安镇、骑岸镇、先锋镇、张芝山镇、川姜镇、东社镇、五甲镇、刘桥镇。乡镇平均面积为71.1平方公里,平均人口为6.57万。
2009年3月,国务院批准,撤销通州市,设立南通市通州区,以原通州市的行政区域为通州区的行政区域,区人民政府驻金沙镇。 南通市原管辖面积为355平方公里,通州成为新辖区后,城市面积将扩大至1521平方公里,人口规模超过200万,并将成为在国内少有的一个真正有江有海的城市。
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