莎车远在西周成王诵时期就已开始与中原保持联系,曾进献白玉、野马等物。
汉武帝曾两次派张骞出使西域,都途经莎车等地。汉元康元年(前65),宣帝刘询应莎车国使节之求,遣使者奚充国送解忧公主(嫁乌孙王)之子万年出任莎车王,莎车归属汉朝。汉神爵二年(前60),汉朝在乌垒设西域都护府,莎车受其管辖。东汉建武五年(29),汉遣河西大将军窦融承制封莎车王康为建功怀德王、西域大都尉。东汉永平车年(61),莎车被于阗兼并。其后,匈奴又将莎车王贤的质子不居徵立为莎车王。永平十六年(73)假司马班超与从事郭恂使西域,其时于阗王广德,又攻杀不居徵,立其弟齐黎为莎车王,莎车时顺时叛汉朝。班超发于阗等国兵击败莎车。汉永元三年(96),汉复立西域都护,莎车受其管辖为。永初元年(107)六月,汉罢西域都护府,莎车又役属匈奴。
魏黃初二年(221),设西域戊已校尉,莎车归魏。晋泰始元年(265),晋代魏立,仍置西域戊已校尉,莎车归晋。晋咸 康二年(336),西域尽入前凉版图,今县境受其管辖。晋太元九年(384),前秦将军吕光征龟兹获胜,今莎车一带使节随鄯善王比龙入朝,向宁称臣贡献。北魏太延元年(435)西域诸国相继朝贡于魏,《魏书》称渠沙国为故莎车城。北魏和平元年(460),柔然汗国占据天山一带,今县境属柔然势力工范围。高昌沮渠余众的一部分奔莎车,沮渠被译作“朱居波”、“悉居半”、“遮拘迦”等,今莎车一带在朱居波属高车的势力范围,北魏太和二十一年(497),吠哒占据天山南路,朱居波受吠哒统治。北周保定二年(562),突厥与波斯联合击败吠哒,突厥势力进入今县境。
隋仁寿三年(603),突厥汗国正式分裂为东西两个汗国,今县境受西突厥统辖。
唐贞观二十一年二十二年(647~648),唐伐龟兹,叶蕃发兵助战,其势力一度进入昆仑山北麓今莎车一带。唐显庆四年(659),唐朱居波等地置州、府、县。唐咸亨元年(670),吐蕃陷安西四镇,今县境为吐蕃占有。唐咸亨四年(673),长史蕭嗣业统东突厥部西征,重新控制葱岭以东,今莎车一带又归唐朝管理。唐天宝十四载(755),“安史之乱”后,唐在西域的驻军被调往内地,吐蕃乘机夺取河泷之地。至8世纪90年代初,南疆地区全部落入吐蕃之手,县境一带为吐蕃辖地。9世纪末,今莎车境属喀拉汗朝。
宋太祖开宝三年(971),今县境一带在西方文献中被称为鸭儿看,后译为叶尔羌。宋建炎二年(1128),今莎车一带属西辽,宋嘉定十一年(1218)属蒙古汗国。蒙古太祖二十年(1225),成吉思汗将其领地分封诸子,鸭儿看,在察合台汗封地之内。元至元十一年(1274),元世祖忽必烈下诏安抚鸭儿看。元大德六年(1320)叶尔羌东察合台汗国。
明正德九年(1514),莎车古城为萨亦德建立的叶尔羌汗国国都,莎车城成为叶尔羌汗国的政治、经济、文化中心。清康熙十七年(1678),叶尔羌归属准噶尔汗国。乾隆二十四年(1759),清政府平定大小和卓之乱后,定边将军和参赞大臣驻扎叶尔羌城处理新疆军政大事。其后设办事大臣、参赞大臣。清光绪二十八年(1902),莎车直隶州升为府,所置皮山县、蒲犁厅(今塔什库尔干县)属莎车府管辖。
民国初年仍沿袭清末旧制,民国2年(1913)撤府设县,设立莎车县,仍由喀什噶尔道辖。民国17年(1928),莎车划为莎车、叶尔羌两县。民国31年(1942),新疆省府决定将两县合并,在莎车设第十区行政长官公署,后改为莎车行政督察专员公署,辖莎车、泽普、叶城、麦盖提4县。直至1949年9月25日新疆和平解放,莎车一直为专署所在地。
1956年4月21日,莎车专署撤销,莎车县隶属喀什专区。