括号内为参与合并或者更名的机构，不设置国务院直属机构，其全部并入各部，设置国务院组成部门、特设机构、办事机构、直属事业单位和议事协调机构。
一、国务院组成部门
（一）综合类
01、国务院办公厅
02、监察部（监察部、审计署、国家预防腐败局、国家信访局）
03、人力资源部（人力资源和社会保障部的人力资源职能、国家外国专家局、国家公务员局）
04、外交部
（二）安全类
05、国家安全部（国家安全部、国家保密局、国家密码管理局）
06、公安部（撤销看守所戒毒所管理职能、司法鉴定职能）
07、司法部（增加看守所、戒毒所管理职能，增加司法鉴定职能，最高人民法院执行局）
08、国防部
（三）经济类
09、宏观调控部（国家发展和改革委员会、国家统计局，剥离能源管理职能）
10、财政部（剥离税政、关税职能）
11、税政部（国家税务总局、海关总署）
12、商务部（商务部、国家粮食局、国家烟草专卖局、盐务局）
13、市场监管部（国家工商行政管理总局、国家质量监督检验检疫总局、国家食品药品监督管理局的质量监管职能）
14、中国人民银行（中国人民银行、国家外汇管理局、中国银行业监督管理委员会、中国证券监督管理委员会、中国保险监督管理委员会）
15、能源部（国家能源局、国家能源委员会、国家电力监管委员会、中央企业的能源行政职能）
16、农业部（农业部、水利部和国家林业局产业职能、国家粮食局）
17、工业部（工业和信息化部、国家安全生产监督管理总局、国家煤矿安全监察局）
18、建设部（住房和城乡建设部）
（四）社会类
19、教育部（教育部、国家语言文字工作委员会）
20、科学技术部（科学技术部、国家国防科技工业局、国家航天局、国家知识产权局、中国地震局、中国气象局）
21、文化部（文化部、国家体育总局、国家文物局、国家广播电影电视总局、国家新闻出版总署(国家版权局) 、国家旅游局）
22、人口卫生部（卫生部、国家人口和计生委员会计划生育事务、国家中医药管理局、国家食品药品监督管理局的卫生监管职能）
23、公众保障部（人力资源和社会保障部的社会保障职能、民政部的社会保障职能）
24、国土资源部（国土资源部、国家测绘地理信息局、国家海洋局）
25、交通运输部（交通运输部、铁道部、中国民用航空局、国家邮政局）
26、生态环境部（环境保护部、国家核安全局、水利部和国家林业局生态保护职能）
27、民政部（民政部、国家民族事务委员会、国家宗教事务局，剥离社会保障职能）
二、国务院特设机构
国务院国有资产监督管理委员会
三、国务院办事机构
国务院新闻办公室
国务院法制办公室
国务院侨务办公室
国务院港澳事务办公室
国务院台湾事务办公室
国家档案局
国务院参事咨议局（国务院参事室）
国务院机关事务管理局
四、国务院直属事业单位
新华通讯社
中国科学院
中国工程院
中国社会科学院
中国发展改革研究院（发展研究中心）
国家行政学院
全国社会保障基金理事会
国家自然科学基金委员会
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