浙江舟山群岛新区海洋产业集聚区是省委省政府重点打造的15个省级产业集聚区之一，规划定位建设成为我国海洋综合开发示范区、长三角主要的海洋产业集聚发展区和浙江海洋经济发展引领区。集聚区总规划面积约98平方公里，规划形成“一城诸岛”总体战略布局架构。其中，“一城”指中国（舟山）海洋科学城，“诸岛”指金塘岛、六横岛、衢山岛、舟山岛西北部、岱山岛西部、泗礁岛、朱家尖岛、洋山岛、长涂岛、虾峙岛等区块。规划打造海洋清洁能源、港口物流与港航服务、船舶与临港装备、临港石化、海洋旅游、现代渔业、水产品精深加工与海洋生物和大宗物资加工等八大产业集群。
集聚区核心区由舟山高新技术产业园区和舟山港综合保税区组成,是舟山群岛新区经济发展的重要板块。集聚区管委会直接负责这两个区块约33平方公里的开发建设。各县（区）和其他金塘、六横功能区管委会负责其他区块的开发建设。
2017年4月1日，中国（浙江）自由贸易试验区正式挂牌，浙江舟山群岛新区海洋产业集聚区作为自由贸易试验区的重要区域，实施范围18.64平方公里。其中舟山岛北部片区共15.62平方公里，东至梁横岛，南至沙外线，西至大成一路，北至新港15路，重点发展油品等大宗商品交易，保税燃料油供应，航空产业、石油石化产业配套装备保税物流、仓储、制造等产业；舟山港综保区区块二（衢山分区）3.02平方公里，属于舟山离岛片区，重点发展油品等大宗商品储存、中转、贸易产业，海洋锚地重点发展保税燃料油供应服务。其中0.85平方公里后置换为舟山港空港分区，直接服务于波音项目落地投产需求。
一、舟山高新技术产业园区
舟山高新技术产业园区是浙江省级高新技术产业园区，规划总面积约27.5平方公里。其中一期11.5平方公里从2004年开始建设到现在产业布局已基本完毕，已形成了以高端临港工业、海洋医药（保健品）、海洋食品制造、新能源汽车零部件、精密机械制造为核心的五大支柱产业；二期16平方公里于2011年开始建设，目前已完成了6千米海堤建设，区域内2.4万亩海域已围填过半，已成陆部分正加快推进基础配套。将重点布局高端临港装备制造、清洁能源、物流集散、航空配件制造、海洋电子信息等产业板块。
区内先后引入百亿清洁能源项目——新奥LNG加注站，高端临港制造——富通海洋工程海底电缆项目，集海洋医药研发制造于一体——海力生海洋产业园，国家863科技成果转化项目——恒安泰海洋柔性管道项目等一批符合群岛新区产业定位的高新技术产业项目，已经成为全市新兴产业发展和科技创新的重要板块。
园区设置舟山群岛新区科创中心、孵化器、小微园区、大学科技园四大创业创新驱动板块，其中科创中心主要作为市“5313”领军人才团队园区初创、中试的培育核心区；孵化器和小微园区作为承接领军人才（团队）产业化培育、全市高新技术产业化培育核心基地，目前入区孵化以医疗器械制造、游艇制造、新能源设备制造等行业公司为主；舟山群岛新区大学科技园主要作为园区海洋生物技术、高端船舶与海洋工程装备技术、海洋资源综合开发利用技术、新能源、海洋电子信息技术等海洋新兴产业校企合作重点平台，浙江海洋大学现已入驻。
近年，我市启动国家高新区创建工作。申报中的国家高新区总规划面积114.54平方公里，其中产业功能承载区以舟山海洋产业集聚区、舟山船舶装备高新技术产业园区为主体，总面积约53.5平方公里。
二、舟山港综合保税区
舟山港综合保税区于2012年9月29日经国务院正式批复设立，属于我国目前保税层次高、政策优惠、功能齐全、区位优势明显的海关特殊监管区。功能定位为“一中心、两基地”，“一中心”指建设成为我国大宗商品的国际物流配送中心，“两基地”指建设成为富有特色的现代海洋产业基地、我国重要的进口商品基地。综保区规划总面积5.85平方公里，按照一区三片模式运作。其中本岛分区位于开发区西侧，规划面积2.83平方公里，重点发展以海洋装备制造等先进制造业和保税仓储、保税物流、保税加工为重点，发展海事服务、商品展示、金融租赁等相关服务业，建设进口船配配件、石油化工、进口水产品与冷链、进口商品、大宗基础原材料等专业交易市场。2014年1月8日正式封关运作。衢山分区位于岱山县衢山港区鼠浪湖岛，面积2.17平方公里。重点发展油品、煤炭、矿石等大宗商品的仓储、配送业务，建成我国重要的保税大宗商品仓储、加工中转基地。一期1.2平方公里于2016年12月15日正式封关运作，二期0.97平方公里于2017年11月完成了封关验收。空港分区规划面积0.85平方公里，位于朱家尖普陀山机场南侧，2017年12月通过封关验收。主要功能定位是以干线飞机、支线飞机及通用飞机生产制造等保税加工功能为核心，以航空零部件保税物流和航空保税物流功能为支撑，做强航空检测、航空维修、航空培训、航空研发、融资租赁、保税商品展示等保税服务功能。
