“马其顿”是古希腊时期希腊北部的国家的名称，由亚历山大大帝统治的马其顿帝国曾经征服小亚细亚、波斯、埃及等地，把希腊文明传播到中东各地，至今希腊仍将其北部地区称为马其顿。
希腊认为，由斯拉夫民族（马其顿斯拉夫族）所建立的国家无权使用属于希腊的名称作为国名。
由于希腊所提出的抗议，世界上绝大多数国家、联合国、欧洲联盟、国际奥林匹克委员会等均未承认“马其顿共和国”的国名，而将该国称为“前南斯拉夫马其顿共和国”。
目前全世界仅约40个国家承认“马其顿共和国”本身使用的名称，包括中华人民共和国、美国、俄罗斯等大国。
马其顿共和国独立初期时，国旗上曾使用“维伊纳的太阳”（即十六道光芒的太阳）图案，由于该图案源于古希腊时期的马其顿国，希腊认为马其顿共和国无权在国旗上使用。同时由于马其顿宪法当中提及“关注邻国马其顿人的权益”，希腊认为这显示马其顿共和国意图干涉希腊北部的斯拉夫少数民族事务，甚至对希腊北部有领土扩张的野心。
基于前述原因，希腊雅典等地曾于马其顿独立初期举行大规模示威。希腊政府于1994年2月开始向马其顿共和国实行经济封锁，重创其对外贸易。马其顿共和国最终于1995年9月改换国旗以及修改宪法（新条文重申马其顿对邻国领土没有任何主张）。稍后希腊终止经济封锁。
虽然希、马两国的经济联系日益热络，唯国名问题迄今悬而未决。
