1543年蒙古瓦剌(厄鲁特、卫拉特)分裂为准噶尔、和硕特、土尔扈特、杜尔伯特四部。准
噶尔、杜尔伯特统治家族为元臣孛罕后裔，绰罗斯氏；和硕特首领为元太祖弟哈布图-哈萨
尔后裔，孛儿只斤氏；土尔扈特为克烈部首领王罕后裔(突厥人?)。卫拉特四部“分牧而居
”，其分布大致是：准噶尔以伊犁河流域为活动中心，杜尔伯特游牧于额尔齐斯河两岸，
和硕特的活动中心在乌鲁木齐，土尔扈特则在塔城。出于共同抵御外敌和协调各部之间关
系的需要，四部之间很早就组成了联盟，盟主由各部首领推举产生。1550年以后，卫拉特
四部盟主长期由出自元太祖族系和硕特部首领担任。明末清初，四部盟主为和硕特部首领
硕垒乌巴什浑台吉和他的儿子拜巴噶斯。
1625年，准噶尔部首领哈喇忽刺的势力日长，开始与盟主拜巴噶斯相抗衡。1642年，哈喇
忽刺死去，儿子巴图尔珲台吉继位，准噶尔部更为强大，天山北路的卫拉特其他部落逐步
被它控制。尽管当时和硕特部首领仍处于盟主的地位，但巴图尔珲台吉已成为卫拉特蒙古
实际上的盟主。
当杜尔伯特部首领达赖大台吉与土尔扈待部首领和鄂尔勒克矛盾激化，达赖大台吉与准噶
尔部首领哈喇忽刺接近后，和鄂尔勒克率领土尔扈特部众于1627年穿越哈萨克草原，西迁
至额济勒河(今伏尔加河)下游草原游牧。 1637年，受西藏喇嘛教格鲁派首领达赖五世之请
，和硕特部首领拜巴噶斯(俄木布?)之弟固始汗(名图鲁拜琥)率部众南征青海，后进据西藏
；拜巴噶斯之子鄂齐尔图则率部众东迁至河套以西阿拉善地区游牧。
土尔扈特部与和硕特部的迁徒，虽然主要原因是卫拉特蒙古内部的斗争，但这种斗争并未
导致四部联盟解体。1640年，经巴图尔珲台吉和喀尔喀札萨克图汗的积极活动，在塔城召
开了有卫拉特、喀尔喀各部的四十四名代表参加的会盟。会盟首领制订并通过了《卫拉特
法典》。远在伏尔加河下游的和鄂尔勒克和在青藏高原的固始汗都亲率诸子参加了这次会
盟。塔城会盟不仅协调了卫拉特蒙古与喀尔喀蒙古的关系，同时也加强了卫拉特四部之间
的联系。会盟之后，巴图尔珲台吉聘娶和鄂尔勒克之女为妻，并把自己的女儿分别远嫁给
和鄂尔勒克之孙朋楚克和和硕特部首领鄂齐尔图汗，进一步增强了准噶尔部与土尔扈特部
、和硕特部的团结。当时，准噶尔部在诸部中的地位显著提高，其活动地区伊梨逐渐成为
卫拉特蒙古的政治中心。
为了控制中亚塔什干[费尔干纳盆地的首府]等贸易中心和扩大牧场，巴图尔珲台吉多次向
邻近的哈萨克族开战。尽管哈萨克族在号称“巨人”的让基尔汗的领导下进行了抵抗，但
准噶尔部的势力还是推进到了巴尔喀什湖西南的楚河、塔拉斯河[即中国史书上的怛罗斯河
]流域。此外，巴图尔珲台吉还控制着额尔齐斯河流域和鄂毕河中上游地区，向当地各族征
收实物税。在巴图尔珲台吉统治时期，准噶尔部已成为雄踞于天山北路，并与伏尔加河流
域、青藏高原、蒙古草原的蒙古部落保持着密切联系的一个强大势力。
1653年，巴图尔珲台吉死去，其子僧格继位。僧格之异母兄车臣台吉、卓特巴巴图尔二人
联合和硕特部阿巴赖台吉对抗僧格，巴图尔珲台吉之弟楚琥尔乌巴什及和硕特部鄂齐尔图
汗则支持僧格。这场斗争持续至1664年，僧格才得以击败政敌，占据上风。但安定局面为
时不久， 1670年，僧格被车臣台吉和卓特巴巴图尔突然刺杀，而车臣台吉和卓特巴巴图尔
又被噶尔丹所杀。噶尔丹为巴图尔珲台吉第六子，与僧格同母生。
夺取准噶尔部统治权后，噶尔丹开始兼并邻近诸部。1676年，噶尔丹击败其叔父楚琥尔乌
巴什，夺其领地。1678年，噶尔丹又进袭西河套和硕特，杀死卫拉特盟主鄂齐尔图汗，兼
并其部众。噶尔丹于是自称博硕克图汗，这标志着卫拉特四部联盟的彻底崩溃和噶尔丹军
事集权统治的建立。
自中亚伊斯兰教苏菲派纳克什班第教团领袖玛哈图木-阿杂木和卓死后，其长子玛木特-额
敏和幼子伊斯哈克-瓦里[玛木特-额敏同父异母的弟弟]为争夺教权，各立派系，明争暗斗
。伊斯哈克-瓦里和卓早在1570年就受叶尔羌汗国国王阿不都克里木之邀，来到叶尔羌城[
今莎车]传教，其派系被称为“黑山派”。1620年，玛木特-额敏和卓之子玛木特-玉素布[
尤素甫]和卓也进入叶尔羌汗国的喀什噶尔城传教，其派系被称为“白山派”。
接着热西德之孙阿布杜拉哈即位，阿布杜拉哈统治后期，将其长子尧勒瓦斯[尤勒巴尔斯]
排挤出统治集团核心，派往喀什噶尔出任总督。黑山派支持阿布都拉哈，白山派支持尧勒
瓦斯。 1667年，尧勒瓦斯击败阿布都拉哈，继任为叶尔羌王。尧勒瓦斯统治时间不长，1
670年即被黑山派支持下的阿布都拉哈之弟伊思玛业勒汗[伊斯梅汗]取代。
伊斯梅汗执政后，大肆迫害白山派教徒，并将白山派首领阿帕克和卓(玛木特-玉素布和卓
之子，本名伊达雅图勒拉)逐出喀什噶尔。阿帕克和卓流亡于中亚各地，后经克什米尔[时
在西藏地方政权辖下，称拉达克地区]进入西藏，投奔五世达赖。达赖写信给噶尔丹，要求
派遣军队，帮助阿帕克和卓恢复地位。 此时噶尔丹已占领天山南路东部的哈密和吐鲁番，
阿帕克和卓之前来投奔，正中其意。1680年，噶尔丹集中大批骑兵南下，经乌什、阿克苏
，攻陷喀什噶尔。在白山派教徒们的支持响应下，准噶尔军一举攻克叶尔羌城，擒获伊斯
梅汗，解送伊犁囚禁。黑山派丹尼尔和卓也被拘于伊犁七年。
噶尔丹占领叶尔羌后，任命叶尔羌汗国的汗室成员，吐鲁番巴拜汗之子阿布都里什特为叶
尔羌汗，作为自己的附庸，然后率兵返回天山北路。但不久，阿布都里什特与阿帕克和卓
发生矛盾，阿帕克被迫出走。1682年，叶尔羌发生暴乱，阿布都里什特从叶尔羌逃奔伊犁
，噶尔丹将其囚禁，“被执十四年”。阿布都里什特逃离叶尔羌后，其二弟马哈麻特-额敏
被拥立为汗。马哈麻特-额敏任汗期间，曾两次以吐鲁番汗的名义向清政府进贡。他力图摆
脱亲噶尔丹的白山派势力对自己的控制，但未能成功。1692年，阿帕克和卓发动各地信徒
暴乱，杀害马哈麻特-额敏汗。 在阿帕克和卓操纵下，其子雅雅和卓篡汗位。白山派和卓
的统治只维持了两年多时间，就以阿帕克和卓和雅雅和卓的相继被杀而告结束。1694年，
阿布都里什特之三弟马哈麻特-本明又被拥立为叶尔羌汗，但喀什噶尔的豪强不承认其汗位
，另立速檀-马合木为汗，并联合布鲁特人[即吉尔吉斯人,原居叶尼塞河上游,后来迫于俄
国压力移居伊塞克湖]进军叶尔羌，擒获马哈麻特-木明汗。接着，准噶尔军应叶尔羌豪强
之请，南下击走布鲁特人。此后，叶尔羌城由豪强米尔咱-阿来木-沙统治，察合台汗系的
叶尔羌汗国至此终止。
1697年，噶尔丹在与清朝军队作战失败后死亡，白山派阿帕克和卓的孙子艾合买提当国王
，趁机独立。 但1715年便被准噶尔部新即位首领策妄阿拉布坦率兵攻灭，准噶尔扶植原黑
山派首领后裔尤素甫接手统治，尤素甫建立了以黑山派为主要势力的第二个“霍加政权”
。
哈萨克汗让基尔死后，其子头克继承汗位(1680—1718年)。头克对外力图保持与布哈拉等
汗国的和睦友好关系，对内则采取一系列加强统治的措施，制定《头克法》。头克统治时
期，哈萨克各部帐之间的政治联系得到加强。但头克汗晚年，随着政治上的逐步解体，各
部帐之间的联系开始松弛。 十八世纪初期的哈萨克族已是按地域分为大、中、小三帐：
巴尔喀什湖西北的一部称作中帐或中玉兹，清代史籍中称为左部，自称鄂尔图玉兹；巴尔
喀什湖西南游牧的一部称为大帐或大玉兹，清代史籍中称作右部，自称乌卢玉兹；在大帐
西北游牧的一部称作小帐或小玉兹，清代史籍中称为西部，自称奇齐克玉兹。
1732年，准噶尔大军突袭哈萨克，大帐被完全击溃，与中帐的部分部落服属于准噶尔部。
小帐则在阿布尔海伊尔汗的率领下西逃至乌拉尔河、伊施姆河一带[今哈萨克斯坦北境切利
诺格勒以西北]游牧。准噶尔大军推进到塔拉斯河以西，占据了哈萨克汗帐驻地土耳克斯坦
[今哈萨克斯坦突厥斯坦城]和中亚贸易中心塔什干，并在塔什干城内设立常驻税官，征收
贡赋。1740年噶尔丹策零远征中帐，准噶尔大军推进到乌拉尔河，中帐遭到沉重打击后，
部落首领纷纷归属于准噶尔部，“中玉兹和大玉兹一样陷入准噶尔的附庸地位”。同一时
期，俄国利用哈萨克族战败后的困难处境，加速了对哈萨克草原的蚕食，哥萨克军队不断
侵入哈萨克人的牧地，进行殖民掠夺。 哈萨克族在以中帐汗阿布勒-麻哈麦特和苏丹-阿布
赉(让基尔汗第五世孙)的领导下，进行斗争。阿布勒-麻哈麦特死去后，阿布赉继任为中帐
汗，并得到大帐和小帐各部的尊重和拥护，成为哈萨克族中最有影响的人物。
1697年，噶尔丹败死，僧格之子策妄阿拉布坦继任准噶尔首领。 1705年，和硕特固始汗之
孙拉藏汗杀藏王第巴桑结嘉措，废黜六世达赖仓洋嘉措，与清帝国共同扶立意希嘉措为六
世达赖，引起西藏僧俗界的不满，他们密谋借准噶尔部的力量推翻拉藏汗的统治。 1717年
，策妄阿拉布坦派弟弟策凌敦多布率攻入拉萨，杀死拉藏汗，占据了西藏。准噶尔军到处
拷掠百姓，搜刮财物，使西藏社会更为混乱。1720年，皇十四子胤题督军入藏。清军兵分
两路，从青海、四川分道进军。出军前，清政府鉴于拉藏汗所立六世达赖意希嘉措不为藏
族人民信服，乃册封塔尔寺的理塘小活佛噶桑嘉措为六世达赖[西藏当地却认为他是仓洋嘉
措转世，称七世达赖]，并诏令青海蒙古各部王公率所部兵随清军护送噶桑嘉措入藏坐床。
入藏清军进展顺利，很快击溃准噶尔军，收复拉萨。大策凌敦多布率残部再越昆仑山逃回
伊犁，准噶尔部对西藏的统治即告结束。 1724年清军又击败准噶尔，占领青海。
1727年，妄阿拉布坦的儿子噶尔丹策零即位，准噶尔部的实力较前更为强大，他进军外蒙
古，继续为瓦剌人报当年被鞑靼人赶出蒙古高原之仇。迫使雍正帝签定边界条约，规定外
蒙古杭爱山为两大帝国的边界，山以西属准，山以东属清。 1745年，噶尔丹策零的儿子那
木札尔即汗位。1753年，策零敦多布的孙子达瓦齐在噶尔丹策零女婿阿木尔撒纳的帮助下
夺得汗位。阿木尔撒那据伊犁独立，被达瓦齐击败，被迫逃到清帝国。1755年，乾隆派清
军带阿木尔撒那西征准噶尔，格登山一战中歼灭准噶尔军队主力，不久俘获达瓦齐。这不
仅标志着强盛一时的准噶尔汗国的灭亡，也标志着蒙古贵族及其后裔在天山南北长达500余
年的统治结束。 这年被准噶尔部囚禁在伊犁的艾合买提汗的两个儿子大小和卓波罗尼都、
霍集占也被清军释放。 清朝让大和卓返回天山以南召集旧部归属，让小和卓仍留伊犁率
原被准噶尔贵族掳掠到伊犁的维吾尔群众安排生产。大和卓波罗尼都在清军护送下，依靠
旧部支特，消灭了尤素甫的“黑山派”政权，白山派势力再度得势。
阿木尔撒那不愿接受满洲人的统治，起义反抗，被满洲将军兆惠击败。兆惠展开了亡国灭
种的大屠杀，准噶尔人基本被杀绝。 小和卓霍集占趁机逃回南疆，煽动叛乱，并杀害清朝
招抚使臣阿敏道百余人。清朝军队经多次战斗平定了大小和卓的叛乱，统一了天山南北，
也开始把这个地区称为“新疆”。1759年清廷在新疆设伊犁将军，管辖天山南北，并在后
来多次镇压了和卓后裔的持续叛乱。
