平潭县隶属福建省福州市,由福建省平潭综合实验区管理委员会管辖,其行政区域和福建省平潭综合实验区重合。2013年7月,平潭综合实验区获得并行使设区市经济社会管理权限,是福建省直管的地级行政管理区。平潭县与平潭综合实验区实行“政区合一”(行政区和实验区)的管理体制。2009年7月底,中共福建省委八届六次全会作出决定,设立福州(平潭)综合实验区。2009年9月,福州(平潭)综合实验区管理委员会正式成立,平潭县与福州(平潭)综合实验区实行“政区合一”(行政区+实验区)混合型管理模式。 2012年2月,福州(平潭)综合实验区更名为福建省平潭综合实验区,升格为正厅级机构。