2004年10月18日,浦东新区建立陆家嘴、金桥、张江、外高桥4个功能区域党工委、管委会。其职能为原开发区管理机构、原农工委(农发局)、城工委等审批管理职能的整合。功能区域按照人员编制总量不增、各开发公司与街镇相关利益不减、各开发区管理机构与街镇相关职权不变的总体原则设置。其中
(1)陆家嘴功能区域党工委、管委会管理区域为梅园新村街道、潍坊新村街道、塘桥街道、洋泾街道、花木镇;
(2)金桥功能区域党工委、管委会管理区域为金桥出口加工区(含南区)、金桥镇、曹路镇;
(3)张江功能区域党工委、管委会管理区域为张江高科技园区、孙桥现代农业开发区、张江镇、唐镇、合庆镇;
(4)外高桥功能区域党工委、管委会管理区域为外高桥保税区、高桥镇、高东镇、高行镇。
根据功能区域定位重新整合原有机构,对农工委、城工委、农发局、经贸局、国资办等行政机关职能、内设机构和人员编制以及事业单位等进行相应调整。城工委、农工委合署办公,增挂地区工作办公室牌子;农发局的撤制村队和推进郊区社会保障等职能划归农工委,相应调整内设机构。农发局只保留农业经济发展等管理职能,与经贸局合署。农发局原集体资产管理职能划到国资办,林业管理职能划转至环保局,其他职能划转到相应功能区域和有关委办局。
2005年9月,设立三林世博功能区域管理委员会。12月,设立川沙功能区域管理委员会。
(5)三林世博功能区域党工委、管委会管理区域为南码头路街道、周家渡街道、上钢新村街道、东明路街道、北蔡镇、三林镇。
(6)川沙功能区域党工委、管委会管理区域为川沙新镇。
2009年11月18日,设立上海综合保税区管理委员会,外高桥功能区域管理委员会终止功能。
2010年1月,陆家嘴功能区域管理委员会调整为陆家嘴金融贸易区管理委员会;金桥功能区域管理委员会调整为金桥出口加工区管理委员会、张江功能区域管理委员会调整为张江高科技园区管理委员会,三林世博功能区域管理委员会调整为浦东新区世博核心区配套工作指挥部。川沙新镇人民政府不再挂川沙功能区域管理委员会牌子。
至此,浦东新区功能区域撤销。