1990年7月23日，赣州行署批准成立赣州市经济技术开发区领导小组。7月25日，赣州市经济技术开发区工程指挥部成立。8月1日，地委、行署在赣南宾馆会堂举行赣州市经济技术开发区成立大会。10月5日，在青光岭举行赣州市经济技术开发区建设工程开工典礼，规划面积1.88平方千米，首期开发0.53平方千米。
1991年12月，赣州市经济技术开发区改称黄金岭经济技术开发区，并成立黄金岭经济技术开发区管理委员会，定为副县级单位，主管单位为赣州市人民政府。1993年8月23日，赣州黄金岭经济开发区经江西省人民政府批准为省级开发区，并正式定名。1994年3月，赣州地委、行署确定赣州黄金岭经济开发区管委会升格为正县级单位。1997年6月5日，江西省民政厅批复，将赣州市水南乡金星村委会，湖边乡杨梅、大坪村委会成建制析出，组建设立黄金岭街道办事处，属赣州市政府派出机构，由赣州黄金岭经济开发区管委会代管。
1993年8月，为加快赣南高新技术产业发展，赣州地委、行署决定在赣州地区畜牧研究所基础上成立赣南科技城。1996年8月30日，在赣南科技城基础上成立赣南高新技术产业开发区。1997年8月27日，赣南高新技术产业开发区经江西省人民政府批准为省级开发区，占地面积1.15平方千米，为正县级事业单位。
1999年7月，赣州地区撤地设市，赣州黄金岭经济开发区上收赣州市管辖。1999年10月，经赣州市委、市政府批准成立赣州市黄金新区开发建设领导小组，决定合并赣州黄金岭经济开发区和赣南高新技术产业开发区。
2000年3月，赣州黄金岭经济开发区和赣南高新技术产业开发区合并更名为赣州市黄金开发区。原赣州黄金岭经济开发区和赣南高新技术产业开发区经省政府批准的有关管辖范围、管理权限、配套政策不变，由赣州市黄金开发区统一管理并执行。2000年5月，赣州市黄金开发区挂牌成立。2000年6月，南康市潭东镇划归赣州市黄金开发区管辖。2000年8月10日，赣州市黄金开发区管委会与章贡区人民政府完成了蟠龙镇、黄金岭街道的事权交接，正式接管两镇一街道；至此，赣州市黄金开发区占地面积119.87平方千米。
2004年6月30日，赣州市黄金开发区更名为赣州经济技术开发区。2004年7月21日，赣州市黄金开发区管理委员会更名为赣州经济技术开发区管理委员会，保留赣南高新技术产业开发区牌子。
2007年5月9日，国务院批准，在赣州经济开发区内设立江西赣州出口加工区，规划面积2.93平方千米。
2008年3月，经市委研究并报省编委批复同意，设立赣州出口加工区管理委员会。赣州出口加工区管理委员会与赣州经济技术开发区管理委员会合署办公。2008年5月，江西赣州出口加工区海关监管隔离设施及相关配套设施经海关总署等部委联合验收小组验收合格。2008年9月，赣州市委作出决定，章贡区湖边镇、南康市潭口镇划归赣州经济技术开发区管辖；至此，赣州开发区辖蟠龙镇、潭东镇、湖边镇、潭口镇和黄金岭街道四镇一街道，面积219平方千米。
2009年2月，赣州经济技术开发区更名为赣州开发区并成立赣州开发区党委。2009年6月，赣州市委、市政府决定对赣州开发区主要职责、内设机构和人员编制进行调整，成立赣州开发区管理委员会，负责所辖区内经济发展、招商服务、基础设施建设和乡镇行政管理工作，为赣州市人民政府派出机构，按副厅级机构配备干部；保留赣州出口加工区、赣南高新技术产业开发区、赣州经济技术开发区、赣州香港产业园牌子；内设7个工作机构，均为副县级。
2010年3月21日，国务院批复同意赣州开发区升级为国家级经济技术开发区，定名为赣州经济技术开发区。
2014年4月，赣州市委、市政府决定对赣州经济技术开发区主要职责、内设机构和人员编制进行调整，成立中共赣州经济技术开发区（赣州出口加工区）工作委员会、赣州经济技术开发区（赣州出口加工区）管委会，负责对辖区政治、经济、文化、社会及生态等各项事务实行统一领导和管理，为中共赣州市委、赣州市人民政府派出机构，副厅级；保留赣南高新技术产业开发区、赣州香港产业园牌子；内设10个工作机构，均为副处级。2014年9月，设立赣州综合保税区管理委员会，为赣州市人民政府正处级派出机构，不再保留赣州出口加工区管委会牌子。
2016年3月9日，南康区唐江镇的章良村、村尾村、横江村，太窝乡的太窝村、洋田村、龙潭村、中边村、高山村、范塘村9个村划归赣州经济技术开发区管理；2016年3月24日，设立赣州新能源汽车科技城管理处，负责新划入9个村和赣州新能源汽车科技城开发建设管理。2016年8月，潭东镇、潭口镇全域，以及蟠龙镇武陵村、坝上村、当塘村、虎形村、箩渡村等5个村和黄金岭街道坪路村、新路村等2个村，移交蓉江新区；同月，南康区的凤岗镇、三江乡的事权整建制划归赣州经济技术开发区管理。
2017年4月21日，章贡区水西镇垇头村、横江村2个村整建制划归赣州经济技术开发区管理。
2019年8月7日，设立赣州经济技术开发区高铁新区服务中心。
2020年7月6日，章贡区水西镇蛤湖村整建制划归赣州经济技术开发区管理。
2023年3月，撤销赣州新能源汽车科技城管理处，将赣州新能源汽车科技城纳入三江乡人民政府一体化管理。
2023年8月，赣州市委、市政府决定对赣州经济技术开发区主要职责、内设机构和人员编制进行调整，中共赣州经济技术开发区工作委员会、赣州经济技术开发区管理委员会分别为中共赣州市委、赣州市人民政府的派出机关,副厅级，实行合署办公，一套机构。将赣州综合保税区整合并入赣州经济技术开发区，对外保留中共赣州综合保税区工作委员会、赣州综合保税区管理委员会牌子；内设10个工作机构，均为副处级。
