总体目标
衡水湖自然保护区规划的总体目标是以生物学、生态学和环境学理论为指导，在积极保护珍稀野生动物及其栖息地，保护和建设华北内陆湿地生态系统，维护华北平原淡水湿地的典型性与生态功能的基础上，将生态效益、社会效益和经济效益紧密结合，把衡水湖自然保护区建设成为一个按照可持续发展理论以自然保护和科学研究为核心，以科普宣传、生态科普观光为支持，基础设施配套、管理机制完善、功能齐全、综合效益显著，具有资源保护、环境优美、居民乐业、经济发达特色和示范意义的国内外一流的湿地类型国家级自然保护区。
前期目标
2002－2005年，衡水湖自然保护区的规划以基础设施建设、湿地生态环境恢复和生物多样性保护为主要内容，建立、健全组织管理机构，完善管理体制和各项规章制度，对保护区实行综合管理，改善生态环境为野生动植物，尤其是鸟类提供一个优越的生存环境和迁徙繁殖栖息地，迅速提高自然保护区的湿地生态环境质量，扩大野生动植物种群数量，提高动植物保护级别。开展初步的科研活动，完成大部分培训与宣传计划。
后期目标
2006－2010年，进一步完善自然保护区的基础设施，完成生物多样性保护工程建设，引进国内外自然保护区先进的管理经验和技术，将高新技术仪器设备用于自然保护区内部自然资源及人类活动的管理，完善自然保护区科研、宣教、环境质量监测体制，实现对保护区的综合性研究。大力加强国际湿地野生动植物保护研究合作，研究探索自然保护区资源合理利用和可持续发展的途径，适时适地适度开展生态科普观光，使衡水湖自然保护区实现可持续发展的良性循环，最终成为国内领先、国际一流的自然保护区。
