一、建制沿革1992年7月，
山东省
人民政府批准设立省级
经济开发区，全称“菏泽经济改革和开放开发综合试验区”（ 俗称“小开发区”）。
1995年11月，山东省人民政府批准设立菏泽对外贸易加工区，与菏泽开发区“两区合一、合署办公”,实行两个牌子一套班子的
管理体制。
2002年更名为“菏泽经济开发区”。
二、境域变迁1992年，起步面积为4.6平方公里，规划面积11.5平方公里。把原县级菏泽市丹阳街道所属何楼、都庄、耿庄、孟花园4个自然村划归开发区管辖。（1992年—1995年4个自然村由丹阳街道代管，直到1995年秋才实际由开发区管理）。参见
https://www.sohu.com/a/298403888_1200253372001年3月，经菏泽市委、市政府批准，将原县级菏泽市（改名牡丹区）的丹阳、岳程、佃户屯3个办事处整建制划归菏泽开发区管辖(原辛集镇合并到岳程办事处一并上划)。总面积148.6平方公里，总人口13.2万。
2018年7月，根据《关于打造区域中心
城市的实施意见》《中共菏泽市委常委会议纪要》(十三届第87次会议)，经菏泽市委常委会研究决定将定陶区管辖的陈集镇整建制划归菏泽开发区代管，经开区辖丹阳、岳程、佃户屯街道办事处和陈集镇。
三、行政区划1995年，辖何楼、都庄、耿庄、孟花园4个自然村。
2001年3月，辖丹阳、岳程、佃户屯3个办事处。（何楼、都庄、耿庄、孟花园4个自然村还属丹阳办事处管辖）
2017年7月，丹阳、岳程、佃户屯办事处统一改称丹阳、岳程、佃户屯街道。
2018年7月，辖丹阳、岳程、佃户屯街道办事处和陈集镇。
