农业和生活污水，是我国东南湖泊富营养化最主要的污染源。中国科学院南京地理与湖泊研究所研究员秦伯强在回答科学时报记者提问时说，进入太湖的总氮排放中“工业污染只占4%，生活污染占25%，农业排放占28%，水产养殖占28%。”（科学时报记者，2006年08月1日，来源：中科院网站）太湖中磷的来源生活污染源（洗涤剂和人的排泄物）占64%；农业面源（包括农田径流、畜禽养殖及水产养殖）占33%；工业废水只占3%。因此，造成太湖富营养化的主要污染物氮和磷的主要来源首先是生活污水，其次是面源污染，工业污染只占很小比例。
目前判断水体富营养化一般采用的指标是氮含量超过0.2 mg/L，磷含量大于0.02 mg/L。一个人每天所排出氮约18．6克、磷1．74克，可以大体污染90立方米本底含量为0的清水，1年365天32850立方米，一个1万人的城镇就一年将污染3.285亿立方米清水，折合生态需水每秒10.42立方米的流量。太湖流域使用冲水马桶的居民何止千万，即使把所有的长江水都用来“引江济湖”，也未必可以涤浊扬清。由此可见，湖泊成了生活污水的一个巨大化粪池，生活污染源已成为我国河湖氮磷排放的主要来源。因此，对各种氮磷污染源有效的脱氮除磷治理是解决由氮磷污染引起的湖泊富营养化问题的关键，尤其是对城镇及农村生活污水中氮磷的去除。
目前对排入湖泊的氮磷，如农田径流、规模畜禽养殖、水产养殖、生活污水（洗涤）、工业废水、其他如垃圾等可以分别通过水土保持、生物处理、控制养殖规模、禁磷、厂内脱磷除氮和回收垃圾等技术和政策方法处理，有效脱氮除磷。
但对于湖泊氮磷主要来源的生活污水中的马桶水的氮磷还未得到有效处理。城镇生活污水（马桶水）主要是通过“厕所-化粪池-城市下水道”系统输送到城市污水处理厂，处理后排向附近水体。对下水道不完善或根本没有下水管网系统的地区，人们的粪便污水往往直接排入附近的河道。后者直接加重了河流的污染，同时其中氮磷通过河流进入湖泊，增加了入湖的氮磷负荷。而目前我国已经建成运行或正在规划设计的城市污水处理厂普遍只以有机污染指标COD和BOD5去除效果作为水质处理效果的评价指标，对氮磷的去除率是较低的。
所以，马桶水是我国河湖富营养化污染最大的元凶。也是富营养化难以治理的根源。
