近年来，“省直管县”改革在全国范围内得到了广泛推行。 但是我们也不能忽视这项改革中存在的问题和困难，并非所有的省份都具备改革的条件，如果一味照搬有关省份的经验，将会违背行政法上的比例原则和行政管理学的一般原理，付出不必要的改革代价。
从总体上看，这项改革和调整行政管理体制、减少行政层级、减少行政成本、提高行政效率的总体改革目标不谋而合；同时对社会主义新农村建设大有裨益，也是一种探讨地方行政体制改革的新思路。不过，“省直管县”改革中存在问题也需要解决。
首先，虽然权力的赋予对县域经济的增长起到拉动作用，但是权力大小要与经济发展程度相匹配，否则会造成权力资源的浪费，并且容易造成权力的滥用。并不是每一个省区都像浙江一样有发达的县域经济且县域经济独成单元的这种“天然条件”。有些地区县域经济比较落后并不是由于县级政区权力过小，而是有其他诸如地理、观念等因素的制约，因此靠扩大县的权力不能解决经济问题；有些地区市域经济已经形成了良好的结构，例如苏州，这时如果由省管县也许会破坏原有的良性结构；还有些市级政区以农业为主，省管县会损害原有的产业结构。
其次，“省直管县”需要省具有实际的控制能力，浙江所辖的县区仅有四十多个，省政府能较好地控制每一个县区。这是浙江省能够成功推行“省直管县”制度的天然条件，但是其他的省则不然。有些省区地域广阔，县区较多，其管理半径不一定能覆盖到全省的每一个角落。当省政府不能有效地管制县区的时候，会出现县区权力的膨胀。
第三，我国各县域发展不平衡的情况普遍存在，从现在试点的情况来看，基本以经济发展的状况作为决定是否实行省管县的标准。在这种标准下，容易加剧各个县区发展的不平衡。同时，同省区之内不同县域会相互攀比，从而激起更多的矛盾，也可能会导致形象工程、虚假数据的增多。
第四，“省直管县”可能会破坏原本比较成熟的省区内城镇建设结构。良好的城镇结构应该是有层次、有级别、相互配合的结构。规模的大小、职能的差异是城镇结构合理的基础。如果县区权力过大会给这种原本合理的结构带来冲击。
第五，诚然县域经济与农村经济关系紧密，但是县城的经济辐射力能否带动周围农村经济的发展是不确定的。如果县城的经济发展能力不足依然会出现“小马拉大车”的情况，谁又能保证杜绝了“市刮县”、“市压县”的情况之后，不会出现“县刮镇”、“县压镇”的情况呢？到那时我们是否还要“省直管镇”呢？
从省管县到市管县再到省管县，这种巨大的政策摇摆性容易导致劳民伤财。实行“省直管县”改革的最终目的，是通过减少行政层级，达到更好的管理效果——节约行政成本、提高行政效率。这就必然涉及到两个基本问题：改革的手段能否达到改革的目的？如果不能达到改革的目的，或者不能达到改革的全部目的，我们应该如何调整改革的思路，使得手段能够实现目的？这两个基本问题需要积极破解。
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