2001年7月5日民政部【民发170号】批准同意通什市更名为五指山市。
2002年10月16日国务院【国函92号】批复同意撤销琼山市和海口市秀英区、新华区、振东区,以原琼山市和海口市秀英区、新华区、振东区的行政区域设立海口市秀英区、龙华区、琼山区、美兰区。
2012年6月21日,国务院批准撤销海南省西沙群岛、南沙群岛、中沙群岛办事处,设立地级三沙市,管辖西沙群岛、中沙群岛、南沙群岛的岛礁及其海域。三沙市人民政府驻西沙永兴岛。
2014年1月25日,《国务院关于同意海南省调整三亚市部分行政区划的批复》(国函〔2014〕14号):同意撤销三亚市海棠湾镇、吉阳镇、凤凰镇、天涯镇、育才镇,设立三亚市海棠区、吉阳区、天涯区、崖州区。
2015年2月19日,国务院同意撤销县级儋州市,设立地级儋州市,以原县级儋州市的行政区域为地级儋州市的行政区域。
2020年4月18日,国务院批准海南省三沙市设立西沙区、南沙区。三沙市西沙区管辖西沙群岛的岛礁及其海域,代管中沙群岛的岛礁及其海域,西沙区人民政府驻永兴岛。三沙市南沙区管辖南沙群岛的岛礁及其海域,南沙区人民政府驻永暑礁。