川东地区是我国文明发祥地之一，很早以来就有先民居住。旧石器时代的“铜梁文化”、新石器时代的“大溪文化”即是其中的代表。这些先民依山傍水，从事原始农牧渔业。公元前十一世纪，以“巴师勇锐”有功于周，封姬姓宗族于今鄂西川东地区，建号巴国，赐子爵，建都于重庆（注：《华阳国志》卷一《巴志》，以下出处未有注释皆出此志和历代地志。），这是重庆首次为都。巴不断与东部的楚（都治今湖北江陵）庸（都治今湖北竹山）及西部的蜀（都治今四川成都）往来和战争，疆域扩大。“其地东至鱼复（治今重庆奉节），西至僰道（治今四川宜宾），北接汉中（今陕西汉中境），南极黔（今渝南黔北地区）、涪（治今重庆涪陵）”，“巴子曾都江州（治重庆江北区），或治垫江（治今重庆合川），或治平都（治今重庆丰都），后治阆中（治今地）”。秦惠文王后元九年（公元前316年），秦灭巴国，置巴郡，修江州城为巴郡治所，辖江州、枳县（治今重庆涪陵）、朐忍（治今重庆云阳）、鱼复等县。昭王时设置南郡（治今湖北江陵），仅巫县（治今重庆巫山）今属重庆市，而黔江地区时属黔中郡（治今湖南沅陵）管辖。秦统一全国，巴郡、黔中郡、南郡同为地方一级行政区划。汉承秦制，仍置巴郡，沿袭秦县，增加垫江、临江（治今重庆忠县）、涪陵（治今重庆彭水）三县。除管辖有重庆直辖市地域外，还辖有今南充、广元等地市一部分。元封五年（公元前106年）设置十三刺史部，刺史以“掌奉诏条察州”（注：《汉书》卷十九上《百官公卿表上》。），监察一州政事，重庆时属益州刺史部监察。西汉末王莽的新朝，公孙述建立的“大成”国，在重庆境基本维持西汉建置。东汉依然如此，仅增设丰都一县归巴郡辖制，汉末灵帝时，改刺史为州牧，兼及一州军政大权，州成为郡以上的一级行政区，从秦至东汉末持续四百多年的巴郡，这时已降至二级区划。从巴国到巴郡，重庆一直是川东的行政中心，与盆西的蜀国和蜀郡并驾齐驱。至此，随着行政区划的改变，地位有所降低。
东汉末，重庆为刘焉、刘璋父子占据，仍置益州牧。初平元年（公元190年）将巴郡一分为三，“以垫江以上为巴郡”，治所今南充市；“以江州至垫江间为永宁郡”，治所今重庆江北区；“朐忍至鱼复间为固陵郡”，治所今重庆奉节白帝城。建安六年（公元201年），改巴郡为巴西郡，固陵郡为巴东郡，永宁郡为巴郡，析置巴东属国（后改称涪陵郡），这些地区称为“三巴”，也是历史上巴文化核心所在。如果不包括巴西郡在内，二郡一属国基本上奠定了今重庆直辖市地市一级的雏形。随后蜀汉政权统治西南，重庆地区建置未变，仅东部巫县曾为东吴所统治。西晋泰始二年（公元266年），分益州置梁州，州治南郑县（治今陕西汉中），领有涪陵、巴西、巴郡、巴东、汉中、梓潼（治今地）、广汉（治今四川射洪）等郡，除汉中郡地处汉中盆地外，余皆在盆中盆东地区。而今巫山县境时置巫县、北井、泰昌三县，属荆州建平郡管辖。值得注意的是，梁州所辖各郡是历史上第一次将盆中盆东与汉中地区一起统辖，说明川东不仅与盆西地区，而且与汉中盆地都有紧密的联系。东晋成汉时，巴郡和涪陵郡时为成汉所辖，今重庆东部为东晋巴东郡管辖。南朝刘宋时，省涪陵，将巴郡归属益州，今重庆东部的巴东郡、建平郡仍属荆州辖制。于西晋始置的三巴校尉，宋时复置，治所在今重庆奉节境。南朝齐建元二年（公元480年），于巴东、建东、巴郡、涪陵四郡置巴州，治所江州，领二十县，永明元年（公元483年）省。虽然这一时期的州郡建置有所混乱，常有变更，巴州仅存在三年，但这次区划所辖有的地区基本上与今重庆直辖市地域相差无几，仅在黔北渝南略有出入，因此，建元二年所置的巴州可以看作是重庆直辖市建置的最早时间。
南朝梁普通四年（公元523年），增置信州，治所鱼复县，领重庆境巴东、建平二郡。太清四年（公元550年），又置楚州，治所垫江县（今重庆市中区），领巴郡、东阳（治今重庆北碚区）、东宕渠（治今重庆合川境）、涪陵、临江（治今重庆忠县）等郡。西魏废帝二年（公元553年），增设临州，辖临江、安乡（治今重庆万县）等郡。而今开县时属开州开江郡所辖。到北周建德元年（公元572年），今重庆境时已置楚州、合州、容州、临州、开州、南州、信州、奉州等。隋初改郡为州，炀帝时，“既而并省诸州，寻即改州为郡”，推行郡县两级制。除垫江县（治今县）归宕渠郡辖制外，重庆其他县分别为巴郡、巴东郡、黔安郡（治今重庆彭水境）所辖。唐承隋祚，贞观时分置十道，监察诸州，重庆时属山南道、剑南道、江南道。天宝时又分置为十五道，重庆分属山南西道、剑南道、黔中道。山南西道监察今重庆境的渝州（治今重庆市中区）、涪州（治今涪陵）、忠州（治今忠县）、万州（治今万县）、开州（治今开县）、夔州（治今奉节东）、合州（治今合川）、通州（治今四川达县）等，剑南道仅监察有今重庆潼南境的遂州（治今四川遂宁）、荣昌境的泸州（治今地）。而黔中道的南州（治今綦江北）、溱州（治今綦江东南）、黔州（治今彭水）、思州（治今贵州沿河东）辖有今重庆南部綦江、黔江等地。
五代十国，重庆被前蜀、后蜀等政权先后统治，行政区划较为稳定。北宋，除合州等为成都府管辖外，夔州路（治今奉节）管辖有今重庆境的夔州、黔州、忠州、万州、涪州、恭州（渝州改名）、达州等，又置云安军（治今云阳）、梁山军（治今梁平）、南平军（治今綦江南）和大宁监（治今巫溪）。八州三军一监，南宋基本沿袭未变，而夔州路管辖有今重庆、黔中、黔北、鄂西等地区，同成都府路、潼川府路等盆西盆中地区直接受中央辖制。元至元二十三年（公元1296年），设立四川等处行中书省，简称四川行省，省治成都（治今地），重庆地区归其管辖，结束了长期以来川东重庆地区与盆西行政区划并行的历史。但以蜀统巴，地域辽阔，多有不便。早在至元十六年（公元1279年），已在重庆路置四川南道宣慰司，管辖重庆、夔州两路、绍庆府（治今彭水）、怀德府（治今酉阳）等，重庆依然是川东行政中心。至元二十五年（公元1288年），四川省治由成都移治重庆，因军政供给困难，两年后复还成都。至正十七年（1357年），明玉珍率领农民军入川，占领重庆。至正二十三年（1362年），正式称帝，国号大夏，都重庆，辖有今湖北宜昌以西，云南昆明以东，陕西汉中以南，贵州遵义以北地区。这是重庆历史上第二次为都，直至明洪武四年（1371年），持续了九年之久。
明代，设四川布政使司，重庆降为府，领涪、合、忠三卅十七县，夔州府领达州及奉节等十一县。清时仍置四川省，雍正时对黔江等地区的西南少数民族改土归流。嘉庆七年(1802)，又置川东道，辖有重庆府（领涪州、合州、江北厅、巴县、江津、长寿、綦江、南川、永川、荣昌、大足、铜梁、壁山，另定远县在今南充武胜境）、夔州府（领奉节、巫山、大宁、云阳、万县、开县）、忠州（领忠州、丰都、梁山、垫江）、酉阳州（领酉阳州、黔江、彭水、秀山）、石柱厅、太平厅（辖有城口营）等。明清之际的重庆、夔州两府及附近的州厅的近三十厅县，基本上构成了今日重庆市县一级的雏形。
民国时期，重庆地区仍属四川省，境内设有三十个左右的县。1929年重庆设市。1937年抗战爆发。国民政府迁往重庆市，并定为战时首都。1939年，改重庆市为重庆直辖市。这是重庆直辖市建置正式时间，但管辖地域远较今日要小。1940年，重庆市定为“陪都'，今重庆其他地区时仍属四川省管辖。建国初，重庆为西南军政、行政委员会驻地，属西南行政委员会直辖市，1953年改为中央直辖市。1954年，西南大区撤销，重庆市改为四川省地级市，川东地区另设有万县、涪陵、酉阳、永川等地区。1983年，将永川地区与重庆市合并，实行市辖县制。去年3月，又将万县、涪陵、黔江等地市划入重庆市，设立直辖市。
总结历史时期重庆地区行政区划变迁不难发现，重庆历史上曾为巴、大夏、中华民国的都城或陪都，为川东政治中心，虽直至1939年才设立直辖市。但在此之前，重庆地区设立中央一级行政区划且辖地域基本与今相当的最早时间却是在南朝齐建元二年，距今已一千四百多年。而且，直到元代以前，川东重庆地区一直与盆西成都地区一样，或为中央直接管辖，或为地方一级行政区划管辖，互不统属，历代设置的巴郡、巴州、夔州路等都是例证。川东与盆西分属的时间远远比两者同属的时间要长二倍多。而且早在东汉末建安时，已基本奠定了今直辖市地市一级区划雏形，明清则奠定了重庆直辖市县一级的区划（包括县的数量和所辖区域）。可见，重庆直辖市作为单独的行政区划，不管是一级区划的郡、州、路，还是二级区划的府、郡、州，或是三级区划的县、厅等，都是有一定的历史渊源的。今日设置直辖市并非纯出偶然，有其久远的历史沿革。
