吉木萨尔：“吉木”是汉语“金满”的音转，“萨尔”是突厥语“城”之意，合并为“金满城”。元、明时称“别失八里”。清称“济木萨”，并设“孚远县”。解放后称“吉木萨尔”。
吉木萨尔县，汉为车师后国、车师后部（今天山以北奇台县、吉木萨尔县一带）地，神爵二年 (公元前60)开始受汉朝领护。永平十七年(74) 在境内金满城置戊已校尉。
唐贞观十四年 ( 640)设庭州，下辖金满 (州治所在地，即今吉木萨尔县北庭乡一带) 、蒲类（今巴里坤哈萨克自治县）、轮台（今乌鲁木齐市南郊乌拉泊古城）、西海（今乌鲁木齐市南郊柴窝堡、盐湖、达坂城一带）四县。长安二年(702)，在庭州设北庭大都护府，辖都护府2个、都督府 (州级) 23个、 州2个， 管理天山以北至巴尔喀什湖以东以南地区。
宋为高昌国（国都在今吐鲁番市高昌古城）属地，其后王庭设在可汗浮图城（即北庭城）。
元继袭唐时别失八里建制。宪宗元年 (1251)， 设别失八里行尚书省，至元二十年(1285)，设别失八里宣慰司都元帅府，管理北疆地区。
明代为瓦刺游牧区，仍臣属于明。
清统一新疆后，改为济木萨， 属镇西府（今巴里坤哈萨克自治县）所辖， 乾隆二十四年(1759)设巡检，三十七年(1772)隶属阜康县（今阜康市），分驻县丞一员。光绪二十年(1894)在恺安城（今吉木萨尔县境内，具体城址不详）南建新城，名孚远。光绪二十八年(1902)设县，名孚远县，为镇（西）迪（化）道迪化府（今乌鲁木齐市）所辖。
民国时期归属迪化道 (后改为第一区、又改为迪化区) 。
中华人民共和国成立后，于1954年更名为吉木萨尔县，隶属迪化（今乌鲁木齐市）专署。1958年划归昌吉回族自治州管辖至今。
吉木萨尔县东与奇台县为邻，西与阜康市接壤，北以卡拉麦里山和富蕴县相接连， 南同吐鲁番市、乌鲁木齐市为界。县境东西宽约60公里， 南北长约 214公里，面积12795平方公里。县城西距乌鲁木齐市171公里，距州府昌吉市209公里。
县辖3镇6乡：吉木萨尔镇、三台镇、泉子街镇、大有乡、新地乡、二工乡、 北庭乡、老台乡、庆阳湖乡。县内并驻有兵团农六师107团和红旗农场。
北庭都护府在县城北20公里北庭乡大、小破城子村之间。为汉金满城、车师后国王庭所在地。汉永平十七年 (74年) ， 耿恭戊已校尉屯垦此。唐贞观十四年 (640)置庭州，为州治。长安二年 ( 702) 设北庭都护府。宋为高昌后王庭，元为别失八里元帅府治。后毁于战火并随政治、军事中心移至今伊犁州霍城县境内的阿力麻里城而失去其政治、军事中心地位。现仅存残墙断垣，故城形状规模可辩。故城分为内外城，呈长方形， 周长4596米，1957年被列为自治区重点保护单位。出土有许多珍贵的文物。
