荷据时期明朝在台湾的主权。荷兰人于天启二年(1622)入侵澎湖,而后又在福建官府默许之下侵占台湾的大员,并在当地设置税关。必须注意的是:荷兰人窃据大员的早期,其管辖范围仅在大员周边区域,其范围不会超过20平方公里,对整个台湾岛,荷兰人并没有管理权。其时日本商人也常到大员贸易,荷兰人向他们收税,遭到日本人的抗拒。日本人责问:往年在大员与中国商人贸易,从来没有人向其收税。而荷兰人答以:“台湾(大员?)土地不属于日本人,而是属于中国皇帝,中国皇帝将土地赐予东印度公司,作为我们从澎湖撤退的条件。”②荷兰人的这一回答表明他们了解台湾属于中国皇帝。不过,他们所谓中国皇帝赐地于荷兰人,则不是事实,其实,福建官府不过是默许他们在大员定居而已。当时荷兰人在大员的地位,如同葡萄牙人在澳门的地位,他们只是借用中国的一块地经商,而不是获得了主权。实际上,一直到崇祯皇帝的末年,荷兰人都未声称他们对台湾拥有主权。
荷兰人进入澎湖与台湾,更引起了福建官府对台湾的重视。明人周婴在其名为《东番记》的一文中提到了当时有人提倡在台湾建立郡县的计划,他说:“泉漳间民渔其海者什七,薪其岭者什三。言语渐同,嗜欲渐一,唯以雕伪之物,欺诱其情,异海翁之狎鸥,等狙公之赋芋,疆场喜事之徒,爰有郡县彼土之议矣。”③这是说,当时闽人在台湾经商,颇有欺骗行为,引起了双方的矛盾,因此最好的方式是在当地设立郡县,以加强管理。周婴的《东番记》载于他的《远游篇》一书,而《远游篇》一书的诗文表明:周婴出游厦门一带是在天启五年(1625)左右,他的《东番记》应写于天启、崇祯年间,④其时,荷兰人据有大员已有一二年,但在这一时期,福建官府倘然自若地计划在台湾设置郡县,由此可知台湾在福建官府眼里,其实为下属的一块土地。只是在天启、崇祯年间,朝廷的财政非常紧张,福建地方财政的收入大都被搜刮到户部,以支付对抗金国及平定流寇的战费。因此,福建官府方面无所做为,设置郡县制的计划被束之高阁。不过,在崇祯初年,郑芝龙与熊文灿尚有在台湾屯垦的计划,并付之实行。黄宗羲的《赐姓始末》记载:“台湾者,海中荒岛也。崇祯间,熊文灿抚闽,值大旱,民饥,上下无策;文灿向芝龙谋之。芝龙曰:‘公第听某所为。’文灿曰:‘诺’。乃招饥民数万人,人给银三两,三人给牛一头,用海舶载至台湾,令其芟舍开垦荒土为田。厥田惟上上,秋成所获,倍于中土。其人以衣食之余,纳租郑氏。”如方豪先生所指出:熊文灿任福建巡抚为崇祯元年至崇祯三四年间(1628—1631)。①其时,荷兰人已经窃据台湾的大员港,在这一形势下郑芝龙能将饥民送至台湾屯垦,其实反映了明朝对台湾的主权。