韩国和朝鲜按照其地理位置将此海域称为“东海”（동해）或“朝鲜东海”（조선동해）。在历史上，16世纪以后，在西方出版的世界地图中，该海域曾被称为“东洋海”、“朝鲜海”、“中国海”和 “日本海”。进入18世纪以后欧洲的航海家才真正大规模的开始了东洋探险，在18世纪、19世纪期间，因为以占据大小而命名海名的习惯下，在欧洲开始广泛使用“日本海”名称。
“日本海”的名称是于1602年由天主教耶稣会传教士利玛窦命名的。日本的官方来源指称，世界上97%的地图都记载为“日本海”（Sea of Japan），中国大陆、香港、台湾和新加坡的教科书及各种书籍地图中也都以“日本海”表述。朝鲜政府和韩国政府另有看法，韩国政府强迫该国所有出版物使用“东海”或“韩国海”（朝鲜语：한국해／韓國海 Hankukhae）等名称、而朝鲜政府亦要求本国出版物使用“朝鲜东海”（朝鲜语：조선동해／朝鮮東海 Josŏn Tonghae），目前并没有其他国家使用这一称呼。
大洋中分离出来的海域在命名时最常见的方法是以该海域从大洋分离出来的列岛或半岛的名字命名，所以根据太平洋日本列岛，将分离出的大海称为日本海是非常正当的。加利福尼亚湾（Gulf of California）、安达曼海(Andaman Sea)、爱尔兰海(Irish Sea)等都遵循了这个原则。
联合国事务局在2004年3月给日本政府的信函中表明，“联合国事务局遵守使用日本海单独标记的惯例的立场是非常明确的，指定（东海/日本海）两个地名违背联合国的惯例，侵害了联合国的中立性质。”这说明联合国认定“日本海”是该海域的唯一正式名称。日本海单独标记原则是国际水文组织或世界地图和教科书等长期以来一直遵守的。
