郑芝龙经略台湾可以说取得了极大的成功，尤其是他奖励移民垦殖，意义最为重大。中国一向是一个多灾荒的国家，在郑芝龙受抚之前，1626年他已招来不少闽南饥民渡台开垦。受抚之后，1630年福建旱灾更为严重，“谷价腾涌，斗米百钱，饥殍载道，死亡横野”，出现了大批的无业游民，社会动荡不安。郑芝龙向福建巡抚熊文灿建议，据募饥民到台湾去垦荒，每人给银三两，三人给牛一头，用海船载他们到台湾进行垦殖。熊文灿听从了郑芝龙的建议，于是郑芝龙就组织了几万福建灾民到了台湾。从此以后，大陆人民移民台湾开垦荒地的就更多了。这次大批灾民移民台湾的举动，有极重要的意义。首先这是中国政府第一次有计划、大规模的向台湾移民，以前则均为私人的活动。对于大陆汉人在台湾的基础的奠定，裨益自必不小。其次是中国政府仍认定台湾是中国的领土，台湾属于中国，才有可能以政府行为组织大规模移民。因此尽管荷兰人当时在台湾，但台湾真正的统治者是郑芝龙。
