01. 濁水溪：187公里，源頭：佐久間鞍部，彰化縣、雲林縣、南投縣、嘉義縣
02. 高屏溪：171公里，源頭：玉山，高雄縣、屏東縣、嘉義縣、南投縣
03. 淡水河：159公里，源頭：品田山，台北縣、台北市、基隆市、桃園縣、宜蘭縣、新竹縣
04. 曾文溪：138公里，源頭：水山 ，台南縣、台南市、嘉義縣、高雄縣
05. 大甲溪：124公里，源頭：雪山，台中縣、南投縣、宜蘭縣
06. 烏溪（大肚溪）：119公里，源頭：合歡山，台中縣、彰化縣、南投縣
07. 秀姑巒- 樂樂-馬霍拉斯溪：104公里，源頭：馬博拉斯山，花蓮縣、台東縣
08. 大安溪：96公里，大霸尖山，苗栗縣、台中縣
09. 卑南溪：84公里，源頭：卑南主山，台東縣
10. 北港溪：82公里，七星嶺，雲林縣、嘉義縣
11. 花蓮- 萬里溪：81公里，白石山，花蓮縣
11. 八掌溪：81公里，源頭：阿里山奮起湖，嘉義縣、台南縣
13. 朴子溪：76公里，源頭：四天王山芋菜坑，嘉義縣
14. 蘭陽溪：73公里，源頭：南湖大山，宜蘭縣
15. 急水溪：65公里，源頭：關子嶺，台南縣
16. 頭前溪：63公里，源頭：鹿場大山，新竹縣、新竹市
16. 二仁溪：63公里，山豬湖，台南縣、台南市、高雄縣
18. 後龍溪：58公里，鹿場大山，苗栗縣
19. 立霧溪：55公里，奇萊北峰，花蓮縣
20. 中港溪：54公里，鹿場大山，苗栗縣、新竹縣
