也是在这一时期，“马其顿问题”这片不祥的阴云开始出现在巴尔干上空。《圣斯特法诺和约》把马其顿大部分地区留给了“大保加利亚”，但《柏林条约》却将其留在了土耳其境内。巴尔干战争之前，马其顿成为勾引起“大保加利亚”、“大塞尔维亚”、“大希腊”等等美梦的一个共同因素。马其顿混乱的种族分布令相邻各国都看到了大好机会。在处理起人口数字时，巴尔干各国的政府们就像一群魔术师。1899年塞尔维亚王国公布的一份人口统计宣布马其顿地区有204.8万塞尔维亚人和5.7万保加利亚人；翌年保加利亚公布的另一份统计却宣布只发现了700名塞尔维亚人，而保加利亚人倒有118万，相差的92万人不知去向，也许变成了“土耳其人”或“其他种族”。事实上，该地区民族混杂之甚，从以下事实即可看出：法语里面“杂拌”（macedoine）这道菜名的词源就是“马其顿”。
马其顿人口大部分是斯拉夫人，但是在他们使用的语言究竟是塞尔维亚语还是保加利亚语这一问题上发生了大量争执。塞尔维亚人和保加利亚人都能毫无困难地听懂马其顿语，但它同这两种语言毕竟还有区别。同样的，当地民族的社会和家族习俗也被援引为争论的根据。更热闹的是，这地方也有罗马尼亚的利益，尽管它由于地理位置所限而不可能在马其顿要求领土，但其居民却有10多万是瓦拉几亚人，因此无论马其顿问题最后如何解决，罗马尼亚总能以此为借口而要求在别处取得补偿。
1881年，塞尔维亚和奥匈签订秘密协议，同意遏制波斯尼亚境内的塞族民族运动，以换取奥方支持塞尔维亚对马其顿的领土要求。尽管困难重重，但塞尔维亚政府仍拿出钱来，在马其顿开办了一百多所学校，以便同当地的八百所保加利亚教会学校 竞争。罗马尼亚和希腊也出资办学。这些相互竞争的教育活动有时导致反常情况：如果一个父亲无力把所有孩子全送进他自称所属的民族开办的中学，那么，由于奖学金的吸引，他往往把他们分别送往敌对民族开办的学校。而一个由某一民族花钱培养的少年，从荣誉出发，必然倾向于使用这个民族的语言，并认同于该民族。这种事在农村中经常发生，因此一个“希腊族”的父亲有时竟然会同时拥有“保加利亚族”、“塞尔维亚族”和“罗马尼亚族”的儿子。
1893年，几个马其顿医生在萨洛尼卡港成立了“马其顿—亚德里安堡内部革命组织”（IMRO，简称“内部革命组织”），其目的是不分民族地把仍在土耳其统治下的马其顿和色雷斯各民族团结起来，一致反抗奥斯曼帝国。不久之后，斐迪南大公下令在索非亚成立了“马其顿—亚德里安堡最高委员会”（简称“最高委员会”），试图干预并接管“内部革命组织”的事务。
1903年8月2日，“最高委员会”在马其顿西南部和色雷斯东部发动了起义，保加利亚人、瓦拉几亚人和希腊人组成的联合起义军攻下了一些城市，但是他们遭到土耳其和阿尔巴尼亚穆斯林的殊死抵抗，不久就再度被土耳其的“巴希—巴佐克”压制下去。这一次，土耳其政府决心让保加利亚居民在色雷斯和亚德里安堡绝迹，因此这里离帝国首都实在太近了。几百个保加利亚村庄遭到洗劫和焚毁，五千多人被杀害，七万多人流离失所，三万多人逃往保加利亚避难。
令人头疼的是，除了“内部革命组织”的起义军和土耳其武装外，周围的邻国也趁乱派来了武装人员，这些部队杀起异族基督徒来比土耳其人毫不逊色。塞尔维亚的“切特尼克”（Chetnik，即“非正规军”）攻击保加利亚的“科米塔吉”（Comitadji，即“志愿人员”），反过来又遭到对方的仇杀；双方都和希腊的“安达提斯”（Andartes）一样到处追杀阿尔巴尼亚和土耳其的穆斯林，土耳其当局则在基督徒中挑拨离间……
马其顿的混乱状态给俄、奥两国提供了干涉的借口。1903年，它们向苏丹宫廷提出了行政、财政和治安方面的一系列改革要求，要求土耳其把马其顿变为一个基督教自治省，分为五个区，由列强代管。斯科普里区归奥地利，萨洛尼卡区归俄国，塞雷区归法国，德腊马区归英国，比托拉区则归意大利。
