商代始封莱国，西周时期成为诸侯大国，爵位为侯爵，后改为公爵。
春秋初，疆域西起今临朐，东至胶东半岛，北至渤海，南至今诸城、胶州。
姜太公受封于齐国，建都营丘(今昌乐县境内)。因为距离莱都较近，莱国候屡次进犯营丘。齐国强大之后打败了莱国，侵占其西边领士。莱公迫不得已迁都今蓬莱一带，叫做东莱国。
公元前567年，齐灵公灭莱国之后，掉头西扩，攻击鲁国北部边境地区，鲁国附庸国牟国为齐所控制，牟人从此开始了东迁的历程。牟人最先定居于汶河中游、牟山附近的安丘故城一带；出于战略的考虑，齐人再次逼迫牟人东迁至牟平、福山一带，这里原为莱国的土地，莱人南迁后，这里便成了牟人的最终居住地。春秋末期，龟缩在胶东半岛一角的牟国仍然被强大的齐国吞灭。
战国时,今蓬莱一带属齐；水城旧为登州古港，原是黑水河与密水河两河的入海口处的一个自然的不正规的港湾,以水城为主要港口开辟了北方远海航线。
秦始皇二十六年（公元前221年），始置黄县（治所在今龙口市石良镇黄城集村），属齐郡，后属胶东郡，黄山在县南二十里，有黄水，县因名，是中国最早的县治单位之一。 秦朝时，水城更为发展,曾为秦皇汉武海上巡幸、求仙活动的重要港口。海上巡幸和求仙活动促进了造船、航海以及港口业的发展。
汉高祖四年（公元前203年）置东莱郡（治掖县），黄县属之。
汉元光二年(前133)，武帝东巡至黄县，“于此望海中蓬莱山，筑城，名蓬莱”， 蓬莱由仙山的名字变成了实际地名。 公元前109年, 汉武帝元封二年秋,遣兵从登州沿庙岛群岛用兵朝鲜，水城作为“军事港口”作用开始凸显。
东汉建武六年（公元30年），黄县仍隶于东莱郡。
东汉顺帝永和五年（140年），东莱郡移治黄县，仍属青州，黄县首为郡治所。
三国时属曹魏，仍属东莱郡。东莱郡复治掖县，黄县仍属之。 西晋初，东莱郡改为东莱国，黄县属于东莱国。后置东牟郡（治牟平），不久废。 东晋咸和八年(公元333年)至咸康七年(公元341年),后赵加紧军事战备,不断对燕发动战争,这样蓬莱水城就出现了繁忙的军事运输。
北魏复置东牟郡，黄县属之。
东魏时，东牟郡移治黄县。
北齐天保七年（公元556年）东牟郡并入长广郡，长广郡移治黄县，黄县再次为郡治所。
南北朝时期, 蓬莱水城成为水军基地。
隋开皇年间，废长广郡复置牟州（治掖县），黄县属之；大业三年（607）废牟州，黄县属东莱郡。
唐朝沿袭隋朝地方行政区划，实行州、县二级制。
唐武德四年(621)，废东莱郡，置莱州，登州（治文登，领文登、观阳2县），属河南道；黄县属登州。 武德6年（623年），割观阳属牟州，置清阳、廓定两县属登州。 贞观元年（627年），废登州和清阳、廓定两县入莱州；废牟州入莱州。 贞观八年(634)，始置蓬莱镇，属黄县。
如意元年（692年），复置登州，辖黄县、文登、牟平等3县，治牟平。 神龙三年（707年），鉴于登州在对外交往中发挥的作用日显重要,将登州治所由牟平移至蓬莱，蓬莱水城定名为登州港，蓬莱由镇升县，省黄县入蓬莱县，蓬莱从此长期作为州，郡治。 先天元年（712年），析蓬莱县西部复置黄县，蓬莱、黄县皆属登州。
天宝元年（742年），玄宗实行郡、县二级制，改登州为东牟郡，蓬莱县属之。
乾元元年（758年），肃宗恢复州、县二级制，东牟郡复为登州，领蓬莱、黄县、文登、牟平等4县，治蓬莱。
隋唐时期先后十次大量用兵高丽, 蓬莱水城与庙岛群岛是用兵运粮至辽东的必经之路。
五代十国时期，山东地区先后归属梁、唐、晋、汉、周等政权，行政区划基本承袭唐朝。 隋唐五代时期是蓬莱水城的鼎盛时期,是当时北方最重要的港口,也是日本及新罗来朝贡的主要进出海口，一时成为全国最重要的港口之一。与东南沿海的泉州、杨州和明州并称中国四大港，被誉为渤海岸边的一颗“东方之珠”。
宋朝实行路、州（府、军、监）、县三级政区制。登州属于京东东路，辖蓬莱、黄县、牟平、文登等4县，治蓬莱。 北宋庆历二年(公元1042年),为防御北方契丹入侵,修筑马蹄形口朝北的沙堤围子,建成“刀鱼水寨”,置水军机构“刀鱼巡检”,登州水军以刀鱼寨为基地,“停泊战舰,操练水师”,使其成为最早的人工海港。
嘉佑六年（1061）建蓬莱阁，与岳阳楼、黄鹤楼、腾王阁并称中国古代四大名楼。
北宋熙宁七年(公元1074年),宋朝下令把登州港封闭, 登州与外国的交往所受到的影响日渐萧条下来,金元时期登州港荒废。由于当时北方的西夏、辽、金的南侵,使地处渤海的登、莱海口封闭,登州港商贸港的地位和作用已经丧失。
金朝将宋朝京东东路、京东西路改名为山东东路、山东西路，登州属山东东路。
金天会九年（1131），蓬莱东部两水镇析出，置福山县；蓬莱南部杨疃镇析出，置栖霞县。蓬莱、福山、栖霞皆属登州。析登州之牟平、文登2县设宁海州，登州辖4县：蓬莱、黄县、福山、栖霞，治蓬莱。
北宋中叶以后,辽金连年侵宋,战争频繁,海疆不宁,经济重心因之南移。登州港作为对外经济、文化交流口岸的地位逐渐下降,并转为防备外患入侵的水军海防要塞。在此之前,登州港的政治、商贸地位远远高于后来的四大名港,广州、泉州、明州、扬州港。
元朝实行行省、路、府州、县四级政区制，登州属中书省山东东西道宣慰司。元初属益都路，后归属淄州路、淄莱路，至元二十四年（1287年）改属般阳路，登州领蓬莱、黄县、福山、栖霞等4县，治蓬莱。元代，于登州设山东分元师府。
元至元十九年(公元1282年)至天历元年(公元1328年),南粮北运,登州港成为海运漕粮的重要港口,登州粮运不仅供京师,亦供应辽阳驻军。
明朝实行省、府、州、县制，登州归属山东省（后改为山东布政使司）莱州府。
明洪武元年（1368），废蓬莱县入登州，属莱州府。
明洪武六年（1373），登州改由山东行省直辖。
明洪武九年（1376），登州升州为府，复置蓬莱县，为登州府治，蓬莱首为府治；辖宁海州、蓬莱县、黄县、福山县、栖霞县、招远县、莱阳县和文登县。同年，环“刀鱼寨”筑城墙,修建水城,名“备倭城”,驻重兵防守,成为海防要塞中心，为清朝水军基地之一。 洪武年间,北方元残余势力仍不时袭扰,使其不得不派重兵驻守北疆,大量军饷源源不断由沿海经登州北上,登州港遂为军商两用港口。
明初禁海,但官方海运不受禁,登州港军港地位突出。
明永乐年间(公元1403～1424年)解除海禁, ,登州港作为海漕运输的始发港,始终处于举足轻重的地位,同时,登州港再次成为南来北往船舶的必经港和寄泊地。
嘉靖三十二年(公元1553年),年仅26岁的戚继光升任署都指挥佥事、山东总督备倭,负责山东沿海备倭事宜,在登州水城设立水师基地,使山东海防面貌焕然一新，倭寇转侵浙江沿海。
万历二十四年(公元1596年),为备倭援朝,修建敌台,东、西敌台相距85米,呈犄角之势,封锁海面,是护卫水门的重要设施,它和水门门垛一起构成一个严密的防御体系。
明末设登莱巡抚于登州，操练水师，成为关防重镇。
清延明制。
清初(公元1655年)禁海,登州港商船出入受到严格控制,商业活动冷落。
1684年,废止禁海,商业活动再现繁荣景象,去朝鲜半岛和日本等海外航线全部恢复。
1717～1727年,再次海禁。
1730年,清廷允许装运赈粮进出登州港。整个清代,登州港作为商港,随着海禁的变化,时盛时衰,但作为军港,则一直倍受重视,常年驻守重兵，担负着东至成山,西至大沽河,北到北隍城海面的巡防任务。
1825年,开始官督商办海运粮米,登州港又兴旺起来。
咸丰八年(1858年)，清政府与英、法签订不平等《天津条约》，把登州辟为通商口岸。 1861年，清政府派人督办开辟"登州"等通商口岸事宜，英方勘察代表认为登州"滩薄水浅"，看中烟台芝罘湾这一天然良港，清政府便下令烟台为通商口岸。同年，8月22日，烟台正式开埠，1862年在烟台设立"东海关"，这是近代山东第一个对外开放口岸。因芝罘商贾云集,地处富庶,水陆交通枢纽,而登州水浅,港湾泥沙淤积,不宜近代大型船舶停泊,转辟芝罘为商埠,登州府的政治、经济和军事中心随之东移,水城也失去其原有的军事上的战略地位。 1862年2月14日，登莱青兵备道署由莱州移驻烟台。1868年,于蓬莱阁东北角的丹崖绝壁上建导航灯塔—普照楼,为夜间行船导航用的标灯。
1875年,山东巡抚丁宝桢在登州主持修筑炮台,分设在水门外东西两面,呈犄角形势,封锁着水门口外海面,是护卫水城的重要设施。登州港的区位优势逐渐萎缩,水城也由繁华变为荒凉。
1912年，撤府为县，撤销登州府，蓬莱县由山东省直辖，登州作为行政区划划上了句号，登州港之称随之消失。
1914年，北洋政府省下设道，置胶东道，治烟台，蓬莱县属胶东道。
1925年，胶东道析为东海道和莱胶道，蓬莱县属东海道。
1928年，奉系军队进驻长山列岛，翌年设立长山岛行政区，与蓬莱县脱离，由奉系海军和山东省共同管辖。后相继为长山岛特区，长岛县。
1933年废道，蓬莱县直属山东省。
1934年，省下设区，蓬莱县属鲁东区。
1936年，蓬莱县改属山东省第七行政区。
1938年，日军侵占蓬莱县，华北汉奸政权将蓬莱县划归山东省鲁东道；1940年，鲁东道更名为登州道，蓬莱县改属登州道。
1938年蓬莱建立抗日民主政府，属胶东行政区北海专区（驻黄县）。
1950年5月，蓬莱县改属莱阳专区（驻莱阳县）。
1958年10月莱阳专区改为烟台专区，移驻烟台市，蓬莱县属之。
1962年1月，黄县再次由蓬莱县析出。
1963年10月，长岛县再次由蓬莱县析出。
1983年11月，撤销烟台专区，设立烟台市，蓬莱县改属烟台市管辖。
1991年11月30日，撤销蓬莱县，设立蓬莱市（县级），由山东省直辖。
1991年12月27日，山东省人民政府确定，蓬莱市由烟台市代管。
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