分两省就够了;北疆以乌鲁木齐安为省会,南疆以阿克苏为省会;至于巴音郭楞蒙古族自治州,要嘛划入乌鲁木齐为首的北疆,要嘛划入阿克苏为首的南疆。
我也非常支持南疆以阿克苏为首府而非以喀什为首府;正如楼主所言,一是阿克苏有汉族人口基础,设为首府后会吸引更多汉族人口定居;二是阿克苏为首府接近维族聚集区,便于前方管控,也便于隔断维族聚集区和后方的北疆和巴州;三是避免喀什成为首府后大规模建设导致的“破坏维族文化”的指责;四也是做最坏情况打算,就算将来有不测,至少北疆能完整保留,而南疆的阿克苏和巴州也会对整个南疆起到牵制作用,就像现在乌克兰东部几州对整个乌克兰政局的牵制一样!最严重时还可以把阿克苏和巴州再从南疆里面分出来单独管理。