1948年12月，大兴县
行政区划调整，增设第六区、第七区、第八区、第九区和南苑市。其中第六区为海子区，南苑镇设立南苑市。
1949年1月，大兴县第六区和南苑市划归北平市管辖，设立南苑区，复设南苑镇。共辖1镇（南苑镇），47保，216自然村。
1949年4月，南苑区改为第二十三区，郊三区改为第十五区。
1949年5月，第二十三区设39个行政村。
1949年6月，第十五区和第二十三区
合并为第十四区。第十四区共辖1镇55行政村（6街329自然村）。
1949年10月，西红门镇由第十五区（丰台区前身）划归第十四区。
1950年6月，第十四区改为第十一区。
1950年12月，第十一区改划为2镇1关厢49行政村。
1951年2月，大火车站、侯庄、永定门关厢三村合并设立永定门关厢街政府。
1951年4月，第十一区永定门关厢划属第九区，包括永定门街政府。
1951年9月，右安门关厢改划为右安门关厢、西铁营、果园三个行政村。
1952年5月，第十一区2镇51村改划为2镇33乡。（
可能未实施）
2镇为：南苑镇、西红门镇
33乡为：槐房、大红门、马家堡、右安门、新建、蒲黄榆、新市场、肖村、成寿寺、左安门、十里河、十八里店、老君堂、张家店、吕家营、龙爪树、牌坊、小红门、集贤、庑甸、鹿圈、旧宫、广德、怡乐、四海、瑞合、石泰、西五号、常庄子、瀛海、团河、志远、南小街。
1952年7月，第十一区改称南苑区。
1953年5月，南苑区划分为1镇46乡。
46乡为：槐房乡、新宫乡、大红门乡、马家堡乡、果园乡、花园乡、肖村乡、蒲黄榆乡、新建乡、成寿寺乡、分中寺乡、左安门乡、西铁营乡、右安门乡、马村乡、时村乡、石榴庄乡、杨家园乡、张家店乡、吕营乡、牌坊乡、龙爪树乡、小红门乡、集贤乡、十里河乡、西燕窝乡、南阳庄乡、老君堂乡、西直河乡、十八里店乡、石泰乡、西五号乡、常庄子乡、怡乐庄乡、南小街乡、瀛海庄乡、庑殿乡、旧宫乡、广德庄乡、鹿圈乡、瑞合乡、志远庄乡、南同顺乡、团河乡、镇国寺乡、四海乡、钱庄子集体农庄
1954年5月，撤销南苑镇政府，设立南苑镇办事处（未批准）。
1955年4月，撤销杨家园乡建制，其所属杨家园、韩家馆、小七圣庙、郭公庄、琉璃井、琉璃井西里、安乐林后身、丁家坑、靳家坑、定泉庄、李村、杨家园东里等12个村划归崇文区永定门关厢办事处管辖。
1956年1月，镇国寺乡划属丰台区，并入草桥乡。
1956年2月，南苑区设立2个
街道办事处和12个乡。至此，南苑区辖2办12乡，即东铁匠营街道、南苑街道和马家堡乡、大红门乡、红星乡、龙爪树乡、小红门乡、鹿圈乡、十八里店乡、旧宫乡、老君堂乡、槐房乡、金星乡、西红门乡。
1.东铁匠营乡、蒲黄榆乡和左安门乡合并设立东铁匠营街道办事处
2.新设南苑街道办事处；
3.马家堡乡、右安门乡、西铁匠营乡、花园乡和果园乡合并设立马家堡乡
4.大红门乡、马村乡、时村乡和石榴庄乡合并设立大红门乡
5.红星乡、四海乡、瑞合乡和石泰乡合并设立红星乡
6.龙爪树乡、分中寺乡和成寿寺乡合并设立龙爪树乡
7.小红门乡、牌坊乡和肖村乡合并设立小红门乡
8.鹿圈乡、常庄子乡、西五号乡和广德庄乡合并设立鹿圈乡
9.十八里店乡、西燕窝乡、十里河乡和吕营乡合并设立十八里店乡
10.旧宫乡、集贤乡和庑殿乡合并设立旧宫乡
11.老君堂乡、张家店乡、西直河乡和南阳庄乡合并设立老君堂乡
12.槐房乡和新宫乡合并设立槐房乡
13.南同顺乡、志远庄乡、团河乡和南小街乡合并设立金星乡
14.保留西红门乡
是年（11月），析马家堡乡右安门、西铁营、花园三个村设置右安门办事处。保留马家堡乡，管辖马家堡、果园2个农业社。至此南苑区辖3办12乡。
1957年6月26日，设立南苑镇东高地街道办事处。至此南苑区辖4办12乡。
是年9月，
河北省大兴县新建乡划属南苑区。至此南苑区辖4办13乡。
是年10月，永定门火车站（今
北京南站，彭庄地区）划属崇文区。
1958年2月，撤销龙爪树乡的建制，将该乡所属分钟寺、成寿寺两村划归东铁匠营办事处领导，将龙爪树村划归小红门乡领导；撤销马家堡乡的建制，将该乡所属果园村划归大红门乡领导，其余地区并入右安门办事处，大红门乡改建为街道办事处；撤销新建乡建制，并入红星乡；南苑镇东高地办事处并入南苑办事处。至此南苑区辖4办9乡。
1958年3月，将丰台区黄土岗乡的角堡村划归南苑区并入右安门办事处。
1958年5月，撤销北京市南苑区，所属4办9乡分别划属丰台区、朝阳区、大兴县。
划属丰台区4街1乡：东铁匠营街道、南苑街道、右安门街道、大红门街道和槐房乡
划属朝阳区3乡：小红门乡、十八里店乡、老君堂乡
划属大兴县5乡：旧宫乡、红星乡、西红门乡、金星乡、鹿圈乡
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