在2007年交通部已正式发文，对厦门港跨行政区划整合漳州港予以批准。福建大港口群整合，随即上路，厦门港的下一个整合对象，将是泉州港。而在2006年初，福建省政府跨行政区域组建厦门港口管理局，全面履行管理厦门港和漳州港的职能。目前的厦门港由福建省厦门湾内原漳州市港口管理局所辖的后石、石码港区，以及招商局漳州港务局所辖的招银港区和原厦门市港务局所辖的东渡、海沧、嵩屿、刘五店、客运5个港区合并组成。
区域龙头
虽然厦门港无法与上海和深圳两大港口巨头相比，但此次合并后，其作为东南沿海港口群龙头的地位，短期内无人能够撼动。
福建70%以上的外贸集装箱在厦门港进出。此外，近年来厦门港集装箱吞吐总量一直呈现稳步上升势头。按照规划，到2010年厦门将建成 “三个一”，即港口年吞吐量1亿吨、集装箱年吞吐量1000万TEU、航运年客运量达到1000万人次。初步形成区域性航运物流中心。厦门港已将2010年的目标修改为1200万TEU。
厦门港的定位几经变化，从最初的为闽南服务到成为福建龙头，再到形成辐射粤东、赣南及湖南的集装箱干线港口。
厦门港预计“十一五”期间投入145亿元，新增万吨以上泊位30个，新增集装箱吞吐量820万TEU。
同时，将启动39公里主航道及海沧、嵩屿港区航道扩建工程，使其能够满足超大型集装箱和10万吨级油轮全天候双向通航。
其次，在象屿保税园区成立保税物流园区，实施“区港联动”，专门发展仓储和物流产业。园区享受保税区相关政策，在进出口税收方面，比照实行出口加工区的相关政策。
此外，厦门海关实行7天工作制，此举有利于提升厦门外贸企业竞争力，吸引更多的国际班轮航线。
同时，国家海关总署近日正式批复同意厦门港从2006年7月1日起，进行海峡西岸经济区域通关改革试点。实施区域通关改革后，企业可以按“属地申报、口岸验放”通关模式办理进出口通关手续。这将大大减少进出口货物在口岸的停留时间和通关环节。
整合泉州港
在成功整合漳州港之后，厦门港的下一个目标指向了邻近的泉州港。
厦门港一位负责人表示，“泉州港的当务之急是整合莆田港，在此基础上，才能考虑与厦门港整合。”
这位负责人表示，与跟漳州港的合并模式不同，厦门港与泉州港之间将探寻更加有效和符合实际的做法。目前厦门港相当部分集装箱生成量就来自泉州。因此，下一步厦门港将采取延伸港口服务的方式，到泉州港投资设置一些场站，使当地的客户“在这些场站就能享受到厦门港的优惠政策”。
与厦门港负责人的观点不同，泉州港一位负责人表示，泉州港经济高速发展，生产总值居福建第一位，泉州港没有理由不“做大做强”。
泉州市发改局一位负责人表示，有关泉州港与厦门港整合的问题，至少现在“尚未提上议事日程”。
突破瓶颈
事实上，福建沿海并不缺乏优良港湾及大型深水码头，制约港口发展的主要因素在于缺乏较大规模的经济腹地。
武夷山脉横亘南北，七山二水一分田的自然布局，在很大程度上阻隔了福建与内地的联系，辐射能力严重不足。他表示，厦门港的出路在于建设与内地便捷相连的交通网络。
福建最大的集装箱码头公司海天公司相关负责人谢漪认为，制约港口发展的最大问题在于货源的规模和数量。他表示，海天除了服务厦漳泉经济带，同时也在积极开拓江西、湖南以及粤东的货源，“现在江西钢铁企业进口的铁矿砂基本上都是通过厦门港进口”。
谢漪介绍，厦门港是全国沿海港口市场化程度最高的港口之一，其价格拥有广泛的竞争优势，因此，越来越多的香港、台湾的国际中转集装箱也通过厦门港出口国外。
此外，厦门港未来的发展将更多取决于沟通内地与台海之间物流的能力，“这是厦门独特的优势所在”。
事实上，为了打通福建沿海与内陆省份之间的交通，国家有关部门已经安排一批交通项目，有的正在施工，有的即将完工。
按照《海峡西岸经济区综合交通体系发展规划》，福建将在铁路、高速公路、港口、机场中长期规划的基础上，构建担负客货运输量大、沟通区域联系作用显著，多种运输线路并行的“二纵四横”综合运输通道。
以预计2009年建成通车的龙厦铁路为例，它将使厦门到龙岩的时间缩短为一小时，比目前缩短3个多小时。
龙厦铁路通车后，厦门的经济腹地将扩展到西北、西南、中原等地，为厦门发展现代物流业创造更优越的条件。
同时，铁路部门近期还开通了厦门直达江西南昌和赣州的海铁联运集装箱班列。据了解，该班列每周二、五从厦门港出发，计划每列班列由40个车皮组成，可一次运输80个标准集装箱。
此外，总投资25亿元的东南沿海最大的铁路货场将落户厦门集美。该货场规划建设总面积约5700亩，计划建设货物装卸线17条，辅轨长度30公里。该项目预计年内开工建设。
